A török háborúk következtében az ország középső területén jelentős lett elmocsarasodás, ahol a malária és a hastífusz (hagymáz), a „morbus hungaricus”, hatalmas áldozatokat szedett. A himlő ellen 1796-ban Jenner felfedezte a – tehénhimlő kivonatából – ”védhimlőoltást”, melyet Magyarországon 1801-től eredményesen alkalmaztak. Általános védőoltásként 1887-ben rendelték el. A pestis és a himlő visszaszorulása után jelentkezett Európában és Magyarországon (1813) a szintén ázsiai eredetű kolera.

A járványok „nyomon követésének” egyik eszköze az 1850-es évektől eredményesen alkalmazott orvosi statisztika lett, amely regisztrálta az eseteket, a járványok nagyságát, folyamatosan megjelölte a jelentkezés helyét, időpontját és a terjedés gyorsaságát, társadalmi közegeit. E módszerrel jól nyomon követhető a 19. század közepétől a gyermek epidémiák is, amelyek elsősorban a 0–1, illetve az 5–10 éves gyermekek körében jelentettek rendkívül magas halálozást. Az összes elhaltak 54%-át 10 éven aluli gyermek, ezen belül 35,6%-ot a 0–1 éves csecsemő volt. A halál oka nagy részét a kanyaró, a vörheny, a hastífusz és a diftéria volt. Az is megállapítható volt, hogy a gyermekjárványok elsősorban a rossz higiénés viszonyok között élő családok, az 1880-as évektől pedig a zsúfolt városi környezetben jelentett komoly veszélyt. E járványoknál elsősorban a 0–1 éves korú gyerekek körében gyakran 60–70%-os halálozási arányt is keletkezett. Az 1876. évi közegészségügyi törvény járványüggyel foglalkozó XIII. fejezetében elrendelték a járványok azonnali bejelentését. Az 1880-as évektől a kormányzat számos preventív gyakorlati intézkedést hozott, amelyek a fertőző betegségek visszaszorítását szolgálták. Amikor izolálták a kolerabacilust, illetve bebizonyosodtak annak víz által történő veszélyei, 1885-ben elrendelték a vízminőség-vizsgálatokat, a vezetékes ivóvíz és a forrásvizek vízminőségének állandó ellenőrzését, a víztisztítás különböző módjainak kidolgozását, jelentős összegeket biztosítottak a városok kommunális rendszereinek kiépítésére. (Ekkor gyorsították fel Budapest csatornázását, szennyvíz-elvezetését, az állandó egészséges ivóvizes hálózat kiépítését, az artézi kutak fúrását stb.) 1887-ben – orvosi indítványra – bevezették a kötelező védőhimlőoltást, annak kétszeri beadását (0 éves és 10 éves korban történő ismétlését). 1889-ben óvintézkedéseket tettek az influenza, 1892–1893-ban a diftériajárvány ellen. Miután tisztázódott a diftéria kórokozója és kidolgozásra került az ellenszérum, 1932-ben bevezették a kötelező védőoltást. (Ennek következtében az átlagban évi 20 ezres megbetegedés 1967-re 36-ra, az 1932-ben regisztrált 1522 haláleset 1967-re, 5-re csökkent.) 1894-ben az újabb orvosi járványügyi ismeretek alapján módosították a ragályos betegségek kötelező bejelentését. Ezzel párhuzamban, 1892-ben felállították a fővárosi fertőtlenítő állomást, majd megszervezték ennek vidéki hálózatát, amelynek feladata lett a fertőző betegek otthonának és használati tárgyainak kötelező fertőtlenítése. Különböző módszereket dolgoztak ki a lakás, a ruházat és egyéb használati tárgyak fertőtlenítésére. Ennek különös jelentősége volt a ruhatetű által terjedő flekktífusz megelőzése szempontjából.

Az iskola-, az ipar-, a település-egészségügyi vizsgálatok összehangolása, a közegészségügyi szempontok érvényesítése a fertőző betegségek területén jelentősen javították a halálozási statisztikákat. A himlőoltás kötelező tételével 1915-re lényegében felszámolódott a fekete himlőt. Rohamos csökkent a hastífusz, ami a kommunális rendszerek kiépítésének volt következménye. Az 1889. évi 100 ezer lakosra eső 240 eset 1900-ra 60-ra csökkent, bár ez vidéki vonatkozásban egyenetlen maradt. (Városokban csökkent, falvakban stagnált.) A járványok elleni küzdelem irányítása elsősorban az 1889-ben megalakult Székesfővárosi Bakteriológiai és Közegészségügyi Intézet felügyelete alá került.

Igen súlyos hazai veszettségi járványon az 1888. évi VII. állategészségügyi törvény rendészeti vonatkozásai sokat segítettek, de igazán Louis Pasteur veszettség elleni oltóanyagának (1885) Hőgyes Endre által kidolgozott hígításos eljárásának alkalmazása döntő változást hozott, 1890. áprilisában Budapesten is Pasteur Intézet nyitottak, elindították a veszettség elleni oltóanyag tömeges előállítását is.

Az 1908. évi országos orvosi értekezlet megállapítása szerint az ország lakosságának szaporodása 1880 óta stagnált, amelynek oka elsősorban a gyermekhalandóság volt, bár a falusi lakosság körében bizonyos csökkenést mutatkozott a fertőző betegségek adta halálozás. A járványok elleni küzdelem intézményrendszerének kiépítése érdekében 1910-ban elkészült az Országos Közegészségügyi Intézet felállításának terve, amit a háború kirobbanása megakadályozta. Ez az intézmény koordinálta volna a járványkutatást, a védőoltások gyártását, a preventív intézkedések elrendelését és végrehajtatását. Az Országos Közegészségügyi Intézet végül 1927-ben nyílt meg, felügyelete alá rendelték a négy magyar orvosi kar közegészségtani intézeteit. Az Országos Közegészségügyi Intézet tevékenységét jelzi, hogy jelentősen csökkent a járványokban elhunytak száma: 1920-ban 41 033, 1925-ben 28 284, 1930-ban 24 120, 1932-ben 20 344 személy halt meg, de ebben szerepeltek a tbc-sek is. 1938-ban elrendelték a kötelező diftéria, 1937-ben a tífusz elleni oltások beadását, szigorították meg a vízminőség vizsgálatát, megkezdték a vidéki artézi kutak programját.

A két világháború közötti járványbetegségek között jelentősen visszaesett a tífusz és a tetanusz, de a vírusos megbetegedések vonatkozásában változatlan számot jelentett az agyvelő- és az agyhártyagyulladás, az élelmiszer higiéné hiányosságai miatt a disenteria, a salmonella és a fertőző májgyulladás. A gyermekbetegségek között a diftéria, a vörheny, a kanyaró, a szamárköhögés, a kisebb epidémiák között a rubeóla, a bárány- vagy rózsahimlő.

A világháború befejezése után az egészségügyi kormányzat első intézkedései a járványügyi helyzet rendezésére, a preventív intézkedések megtételére irányult. 1945 őszén a kormány külön bizottságot rendelt ki a járványhelyzet felmérésére és szükség intézkedések megtételére. A közegészségügy teljes átszervezése után 1954-ben kiformálódott az OKI alárendeltségében működő KÖJÁL (Közegészségügyi és Járványügyi Állomás) megyei és városi hálózata, 1956-ban pedig egyesítették az állami közegészségügyi felügyelet és a járványügyi állomásokat.

Az 1945 után kiemelt feladata a tuberkulózis elleni küzdelem lett, amelybe bekapcsolódott a Magyar Vöröskereszt (1947), az OKI vidéki falujárási akciókat szervezett. 1949-ben kötelezővé tették a tuberkulinpróbát, a BCG védőoltást, felállították a gondozás intézményi rendszerét. 1949-ben még kötelezővé tették a diftéria elleni védőoltást, 1965-ben bevezették a diftéria-tetanusz-pertusis kombinált védőoltást, amellyel valóban visszaszorították e betegségcsoportot.

1927–1930-as évektől, de főleg 1945. után pandémiaként jelentkezett a polyomyelitis (gyermekbénulás). Az 1947-ben megbetegedettek száma 19 456 volt, 689 halálesettel. Az 1957. évi járvány 2334 megbetegedést okozott 143 halálesettel, az 1959. évi járvány 1830 megbetegedést, 153 halálesettel. 1959-ben a Sabin-cseppek és a kötelező védőoltások bevezetése után a polyomyelitis-megbetegedések száma 1960-ban 38 volt, 1 halálesettel. Az utolsó regisztrált adat 1967-ben történt 2 megbetegedéssel, 0 halálesettel. 1974-től kötelező lett a kanyaró elleni védőoltás is. A 1900-as évektől jelentős járványokat okozott a tavasszal és ősszel jelentkező influenza-járvány, amelyek közül kiemelkedik az 1918–1920 közötti nagy európai ún spanyolnátha járvány. Megfelelő gyógyszerek hiányában valóban tízezrek haltak meg, elsősorban a szövődményeiben (tüdőgyulladás, mellhártyagyulladás). Az influenza elleni védekezés szempontjából rendkívüli fordulatot hozott az antibiotikumok, a penicillin-származékok és a kemoterápiás szerek alkalmazása, amelyek a szövődmények ellen vagy azok kezelésében voltak eredményesek. A 20. század második felében pontosan izolálták az egyes influenzajárványok vírus kórokozóit (A1, A2, B1, B2 stb.), amelyek ellen védőoltásokat is adtak. Ennek ellenére évente 4–600 ezres volt a megbetegedés. Halált idős- és kisgyermekkorban okozott, elsősorban elhanyagolt szövődmények miatt. (Az 1960-as években 50–80, az 1970-es évektől 20–30 beteg halt meg évente.)1