A nagyszombati egyetem orvosi karán 1770-ben indult meg a képzés, viszont az itt végzettek hátrányos helyzetbe kerültek, hiszen az itt végzettek csak a magyar korona területén gyakorolhatták hivatásukat, míg a bécsi egyetemen szerzett oklevél az egész Habsburg-monarchiában érvényes volt. E rendelkezés szerint ezért nem szakadt meg a bécsi orvosi karon a magyarok tanulmányai, sőt volt olyan időszak, amikor a magyar orvosjelöltek létszáma magasabb volt a többi nemzetiségénél. E rendelkezést II. József visszavonta, de halála után visszaállították, és maradt 1868-ig. Az első öt orvostanárt – Plenck Jakabot, Prandt Ádámot, Trnka Vencelt, Schoretich Mihályt és Winterl Jakabot – még van Swieten választotta ki, akik a bécsi egyetem neveltjei voltak, a reformeszméket valósították meg a nagyszombati egyetemen. Kiváló orvosok és kiváló tanárok voltak, akik magas színvonalú képzést szerveztek meg. Ettől függetlenül Nagyszombat rossz feltételeket nyújtott az orvosi karnak: nem volt gyakorló kórháza, távol volt az ország szellemi életének nagy központjaitól, a város unalmas település volt. Ettől függetlenül kiváló orvosképzés indult meg, a professzorok nagyszerű tankönyveket írtak és adtak ki. Az orvosi kart – az egyetemmel együtt – 1777-ben Budára helyezték át, ahol az orvosi kar a várpalota melletti úgynevezett Störck-féle házban kapott helyet, míg a gyakorló kórház a városi kórház lett. Ez a mai Széna téren állt és a második világháború alatt teljesen megsemmisült. Ez az állapot az egyetemet felkereső II. József királyt nem elégítette ki, sőt a városi kórház helyzete felháborította, amit azonnal bezáratott. Ekkor (1783) az orvosi kart és kórházát ideiglenesen a budai várpalota egyik szárnyában helyezte el, majd 1784-ben Pestre telepítette át.