A legsúlyosabb helyzetbe a pozsonyi Erzsébet Egyetem került. A csehszlovák kormány a pozsonyi magyar egyetem működését hivatalosan 1919. szeptember 22-én beszüntette. Ennek előzménye, hogy az orvosi kar és a bölcsészettudományi kar összes tanárát kiutasították Csehszlovákia területéről. Az egyetem épületében alapították meg a Komensky Egyetemet, amely egyetlen személyt sem vett át a magyar oktatók közül.

A volt pozsonyi egyetem orvosi kara Budapestre menekült, de elhelyezése nagy gondot jelentett. Az orvosi karnak ideiglenesen az Állatorvosi Főiskola és egyes budapesti orvosi intézmények adtak helyet. Végleges megoldásnak szóba került Győr, itt a megszűnt ágyúgyár épületeit adták és építették volna át egyetemi céloknak. Ezzel egyidőben Pécs is felajánlotta segítségét, egyszerűbb és azonnal beköltözhető lehetőségeket ajánlott. Az 1921. évi XXV. tc. hivatalosan Pécsre helyezte a pozsonyi egyetemet, az orvosi kart a helyi városi kórház, a volt hadapródiskola, a tisztképző, a volt helyőrségi kórház fogadta be, a hiányzó épületek felépítésére 100 millió koronát adtak. Pekár Gyula orvoskari dékán tervei alapján azonnal megindultak az átalakítások, így a főreáliskola és még kilenc volt katonai épületből kialakították az egyetem klinikai telepét, ezen kívül volt iskolákból, a városi kórházból, használaton kívül helyezett középületekből alakították ki a további klinikákat, elméleti intézeteket, végül az építkezések 1924–1925-ben befejeződtek. Az új vidéki egyetemeinken sok olyan kiváló tanár és kutató működött (Szent-Györgyi Albert, Sántha Kálmán, Krompecher Ödön stb.), akik közül többen a budapesti orvosi karon is működtek. A debreceni és a szegedi egyetem épülettömbjei valóban a legnehezebb gazdasági helyzetben épültek fel, Európa legkorszerűbb oktatási feltételeit nyújtották. 1