1848 tavaszán, az első magyar felelős minisztérium kinevezése után lehetőség nyílt az ország egészségügyi kormányzatának átalakítására, az egységes feladatköröknek megfelelő hivatalok kialakítására, a gyakorlati betegellátás kereteinek megteremtetésére. Az utóbbi elsősorban a honvédség egészségügyi szolgálatának megszervezésével együtt jelentkezett, és közéjük tartozott a kórápolás kérdése is. Ez a probléma 1848 novemberétől foglalkoztatta a Honvédelmi Minisztérium egészségügyi osztályát, mivel a honvédség tábori kórházainak felállításakor még a hagyományos korabeli gyakorlatot alkalmazták: a beteggondozásra idős és katonai szolgálatra csak korlátozottan alkalmas katonákat foglalkoztattak. 1848 őszén a főleg az egészségügyi szolgálat megszervezése volt a legfontosabb kérdés, csak ezen belül a kórápolók ügye, ez is a kiképzés vonatkozásában. Az 1848 őszén, kolerajárvány idején jelentkezett először a „éles formában” a kórápolók hiánya: a járványtól megijedt kirendelt polgári betegápolók még külön díjazás ellenében sem maradtak a kórházakban. AZ ügyet maga Kossuth Lajos vizsgálta ki és ennek következménye lett a polgári és katonai egészségügy elválasztása, a Honvédelmi Minisztériumon belül egészségügyi osztályt szerveztek. Az első rendeletek arról intézkedtek, hogy a katonaorvosi szolgálatra jelentkezett első és másodéves medikusokat, valamint sebészhallgatókat kórházi ápolási tevékenységre vezényeltek, rájuk bízták a harctéri és kórházi kötözőket, csak hivatásos katonaorvosok felügyelte alatt dolgozhattak. Stáhly Ignác főtörzsorvos engedélyt kért Kossuth Lajostól, hogy az egyetem orvosi karához tartozó Szvetanay utcában felállított tábori kórházban katonai kórápolói tanfolyamot indíthasson, elsősorban medikusok és sebész hallgatók és önkéntes polgáriak részére. A tananyagáról nincs adatunk, de egy hónap alatt 150 katonai kórápolót képeztek ki, Töltényi János törzsorvos ezt a képzési formát több jelentós helyőrségben meg akarta ismételtetni.

1849 tavaszán, a honvédség átszervezésének időszakában minden fegyverforgatásra, alkalmas férfira a csapatszolgálatnál volt szükség, Flór Ferenc főtörzsorvos is úgy vélte, hogy erőteljes fiatalok kórházi szolgálata felesleges erőpazarlás, inkább fizikailag gyengébbeket kívánt e területen foglalkoztatni. Ugyancsak szorgalmazta a honvédség fogságába esett császári katonaorvosok, sebészek és betegápolók önkéntes foglalkoztatását a honvédség betegápoló intézményeiben. Ugyancsak javasolta a betegápoló honvédek rendfokozatának megállapítását, zsoldjának megemelését, mert enélkül e terület nem volt vonzó a hadi sikerekre vágyó ifjak előtt. 1849 januárjában javasolta Kossuth Lajos a nők társadalmi öntevékeny erejének mozgósítását, amikor a Nőegylet kórházi felszerelések, kötszerek gyűjtésébe fogott, önként jelentkeztek kórházi takarítási és főzési munkákra. Flór Ferenc nagy lehetőséget látott a nők segítségének felhasználására, elsősorban az ápolás területén. Ezzel Kossuth Lajos is egyetértett, de ezt a kezdeményezést a honvédorvosi kar nem támogatta egyértelműen, sőt sokan joggal vagy jogtalanul kételkedtek a nők teljes értékű kórházi munkájában. Viszont bevonásuk az ápolási feladatok ellátásában rendkívül enyhítette a súlyos helyzetet.

Klapka György helyettes hadügyminiszter 1849. április 25-én parancsot adott a honvédorvosi kar munkájának erősítésére, így a kórházparancsnokok kötelesek lettek igénybe venni az önként jelentkezett asszonyok és leányok munkáját, kiképzésükről gondoskodni kellett. A rendelet szerint a frontvonalak közelében a férfiak, a hátországban a nők látták el a katonai betegápolási feladatokat. A rendszer irányítására Kossuth Lajos 1849. április 16-án honvéd főápolónőnek kinevezte húgát, Kossuth Zsuzsannát, aki egyben az Országos Kórodai Főápolónői Intézet vezetőjévé is kinevezett. Ez az intézet biztosította a gyűjtésekből összegyűlt kórházi felszerelések elosztását, koordinálta az ápolónői tevékenységet, nyilvántartást vezetett a jelentkezett nőkről, maga Kossuth Zsuzsanna közel 70 új kórház és betegápoló hely szervezésében vett részt. A kialakított rendszeren Lumniczer Sándor főtörzsorvos annyit módosított, hogy a katonai kórházakban a beosztott ápolók elöljárója a fősebész, míg az önkéntes ápolónők „főnöke” a főápolónő lett.

1849 januárjában ismét előtérbe került az ápolók szakképesítésének és kiképzésének kérdése: Balassa János 1849. június 13-án javasolta Lumniczer Sándor főtörzsorvosnak, hogy a honvédorvosi tanfolyammal egy időben úgynevezett kórápolói kurzust is hirdessenek meg. Ennek részletes tantervét Gaál Gusztáv törzsorvos terjesztette be 1849. június 26-án, amely szerint a jelöltek az egyesztendős kiképzés alatt bonctant, gyógytant, hadisebészetet és gyógyszerismeretet tanultak volna, oklevelüket féléves gyakorlat után – a vizsgák letétele után – nyerhették volna el. E tanfolyam – a hadi helyzet alakulása miatt – már nem kezdődhetett el. A kórápolókkal szemben elemi ismereteket, tiszta erkölcsi magatartást, egészséges állapotot kívántak meg.

1849. június végén a kormány a közeledő orosz csapatok miatt feladta Pestet, a védelmi vonalakat az ország déli területére helyezték át. Kossuth Zsuzsanna feladata lett a sebesültek evakuálása, valamint a déli vidékeken új kórházak szervezése. Kossuth Zsuzsanna megbízásából Balogh Pálné, Pest főápolónője a sebesültek egyik részét Komárom várába telepítette át, Kossuth Zsuzsa pedig 1849. július 4-én az Országos Főápolónői Intézettel együtt Szegedre ment, de előtte felhívással fordult a főváros asszonyaihoz, hogy gondviselésre fogadják magukhoz a Pesten maradt sebesülteket, gyógykezelésükre a budai irgalmasokat kérte fel, akiknél pénz, gyógyszert és kötszert helyezett el. Ugyancsak itt helyezték el a súlyos sérülteket, a betegeket befogadó családok között kétszáz honvéd kéthavi zsoldját osztotta szét.