1945 után új helyzet alakult ki, de itt is különbséget kell tenni az 1945–1947, 1947–1966, 1966–1989, majd az azt követő évek között. 1945–1947 között a magyar orvostudományi társaságok fokozatosan kezdték meg tevékenységüket, hiszen nemcsak működő intézményeikben esett anyagi károk akadályoztatták tevékenységüket, de tagságuk jelentős része vagy hadifogságban, vagy a napi gyógyító munkájával volt elfoglalva. A jobboldalinak minősített szervezetek (MONE, Magyar Orvosi Kamara) tevékenységét betiltották, míg több társaság vezetésében az egyre baloldalibb irányt vett hatalom beavatkozott, a társasági élet önkéntességi elvének figyelmen kívül hagyásával a hatalomnak tetsző személyeket állítottak az élre. A kisebb társaságok már nem újultak meg, egyszerűen felszámolódtak. 1947-ben betiltották a társaságok tevékenységét, amelynek végrehajtása csak 1948-ban valósult meg. A társaságok felszámolásával vagyonukat, ingatlanaikat államosították, így a 110 éves múltra visszatekintő Bp.-i Orvosegyesület székházába a Szovjet Orvosi Dokumentációs Intézet, illetve az Orvosok Szabad Szakszervezete költözött. (Értékes múzeuma, könyvtára, levéltára anyagából formálódtak ki a Semmelweis Orvostörténeti Múzeum, Könyvtár és Levéltár gyűjteményei 1951 után.) A magyar tudományos társaságok vonatkozásában 1949-től új formát alakítottak ki: a humán és reáltudományi társaságok egy részét a Magyar Tudományos Akadémia felügyelete alá helyezték, itt kaptak lehetőséget az ellenőrzött továbbműködéshez. Az orvosi társaságok tevékenységüket ebben a formában nem folytathatták, az Orvosok és Egészségügyi Dolgozók Szakszervezetén belül szakosztályonként működtek tovább, de a szakosztályok csupán az orvosi alapterületeket (belgyógyászat, sebészet, gyermekgyógyászat, anatómia, patológia stb.) fogták össze. Ez a forma valóban ellenőrzött, a fennálló hatalom által kellően nyomon követhető volt, viszont a magyar orvostudomány 1945 előtti kapcsolatrendszeréhez képest idegen, ami a nemzetközi kapcsolatok teljes megszakadását jelentette. A különböző szakszervezeti alapon szervezett orvosi szakosztályok tisztikarai csak a hatalomnak tetsző személyekből kerültek ki, az orvostársasági élet valóban szigorú ellenőrzés alatt állt. Az 1950-es évek elején a szocialista országokkal való kapcsolattartás is szűk keretek között mozgott, 1956-ig szinte semmi lehetőség nem nyílt a környező országok orvosi köreivel való közvetlen kapcsolat kiépítésére. 1945–1948 között szünetelt a legrégebbi magyar orvosi folyóirat, az Orvosi Hetilap kiadása, 1948 után (1990-ig) mint az Egészségügyi Dolgozók Szakszervezetének kiadványa jelenhetett meg. Hasonló módon jelentek meg az orvosi szaklapok, újak is ennek analógiájára születtek meg. A Magyar Tudományos Akadémia felügyelete alatt működő más társaságoknak sem volt jobb helyzete, bár az MTA-nak, ha szorosan ellenőrizve is, nagyobb lehetőségei nyíltak a nemzetközi kapcsolatok ápolására és építésére. 1956 után nem hogy javult volna, hanem még inkább romlott a helyzet, bár 1960 után – nemcsak a Szovjetunióval – lehetőségek nyíltak – a szakminisztériumok közötti együttműködés keretén belül, külön egyezményekben foglaltak szerint – kapcsolatépítésre az úgynevezett szocialista országok orvosi köreivel. E kapcsolatépítésnél szerencsésnek mondható, hogy például Csehszlovákiában, Lengyelországban, az NDK-ban nem oszlatták fel 1945 után a tudományos társaságokat, hanem a szakminisztériumok felügyelete és irányítása alá helyezték.