Ha az adaptációs fázis hosszú és nincs közben elegendő pihenő (nyugalmi időszak), akkor kimerültség, koncentrációzavar léphet fel, és letargikus állapotba kerül a szervezet. A krónikus stressz eredménye lehet azonban számos ún. pszichoszomatikus betegség (mint pl. gyomorfekély, asztma, hipertónia, krónikus fejfájás, pajzsmirigy-túlműködés, álmatlanság, iritábilis vastagbél szindróma, szívinfarktus, egyes bőrbetegségek, impotencia), de maguk a pszichés betegségek is, mint például az alkoholizmus, kábítószerfüggés, pszichoneurózisok, poszttraumás stressz rendellenesség, pánikbetegség és depresszió. Egyes megfigyelések szerint rosszindulatú daganatok is kialakulhatnak súlyos és tartós pszichés stresszállapot eredményeként. Ez nem azt jelenti, hogy ezek a betegségek kizárólag stressz hatásra lépnek fel, de a stressz önmagában is okozhatja őket, illetve más tényezők mellett hozzájárul kialakulásukhoz. Azáltal, hogy gátolja az immunrendszer működését, a krónikus stressz lehetőséget teremt a bakteriális és vírusfertőzésekre és ezek szövődményeire (és ez lehet az alapja, arra hajlamos egyénekben, a daganatképződésnek is). Azonban az akut (múló) stressz is lehet súlyos betegség okozója, mint ezt bizonyítja a második világháború alatt a német zuhanóbombázók támadásának esete, mely után pajzsmirigybetegségek tömegesen léptek fel. Az egyáltalán nem teljes felsorolás világosan mutatja, hogy a stressz a kórokozó tényezők között az egyik legelőkelőbb helyen áll, tehát Selye János alapkutatási felismerése a gyakorlati orvostudomány számos területén bír diagnosztikai és terápiás jelentőséggel.