Az egyetemen lényegében már a döntő jelentőségű politikai változások előtti években, 1987–1988-ban lezajlott a rendszerváltás. Ez részben az 1987-ben elfogadott új egyetemi SZMSZ-nek, részben a már ismertetett képzési transzformációnak, harmadrészt az egész felsőoktatást érintő változásoknak volt köszönhető. Az MKKE új Szervezeti és Működési Szabályzatát 1987. március 16-án fogadta el az Egyetemi Tanács. Ez már határozottan szakított az addigi gyakorlattal. Az SZMSZ kimondta, hogy a rektor és az Egyetemi Tanács irányítja az egyetemet. Jelentősen bővült a tanács hatásköre. Választási periódusonként egyszer immár nemcsak a dékánokat, hanem minden egyetemi vezetőt beszámoltathatott. A tanács kezdeményezhetett, javasolhatott vagy véleményt nyilváníthatott minden, az intézményt érintő és a felettes szervek döntési hatáskörébe tartozó ügyben. Az új szabályozás értelmében nyilvánossá kellett tenni az Egyetemi Tanács üléseinek írásos anyagait az MKKE tanárai, hallgatói, dolgozói és kutatói számára. A főtitkári tisztség felállításával ismét létrejött a titkári funkció. Nőtt a tanácstagok száma, és megváltozott az összetételük is: tisztség alapján tizenöt fő, választás útján huszonnyolc fő került be. Jelentősen (tizennégyre) nőtt a hallgató képviselők száma, akik a tanács hallgatói tagozatába (a hallgatók önkormányzati képviseletének elődjébe) tömörültek. A tanácstagi választások lebonyolítása „állami hatáskör” lett, a párt-, a KISZ- és a szakszervezet nem játszhatott benne szerepet. Különbségtétel nélkül minden oktató, hallgató és dolgozó választó és válaszható lett. Bevezették a jelölőgyűlések intézményét. Az Egyetemi Tanácsba a tizenkét tanár tag mellé hat póttagot kellett választani. Ezekkel az intézkedésekkel a korabeli magyarországi egyetemi átlagnál sokkal demokratikusabb és átláthatóbb vezetési gyakorlat alakult ki.1