1862 második fele a háború jellegének átalakulását hozta: a konfliktus hirtelen sokkal komolyabbá, elkeseredettebbé és hevesebbé vált, mint az első évben. A változásnak volt némi köze a személycserékhez. McClellanből, akinek a csillaga ekkoriban áldozott le, nemcsak a gyilkolási ösztön hiányzott, mely fogyatékosság mindkét Lincoln által ráruházott tisztségre, a szárazföldi haderőnem főparancsnokságára, valamint a Potomac Hadsereg parancsnokságára is alkalmatlanná tette. Ennél is nagyobb baj volt, hogy McClellan valójában olyan elveket vallott a háborúról, legalábbis a polgárháborúról, amelyek alapján helytelenítette a kemény csapásokat. Sok más északihoz hasonlóan, a megosztottság hatásait majdnem ugyanolyan fájdalmasnak találta, mint magát a megosztottságot. Sajnálkozott a háború táplálta sokféle gyűlölet felett, és olyan módot keresett a háború megvívására, amely nem korbácsolja fel még jobban azokat – tehát elvetette az ellenség tulajdonának elkobzását, a hadsereg ellátása terhének a megszállt területre hárítását, a rabszolgák emancipációjáról pedig végképp hallani sem akart. A Hétnapos Csaták végén Richmond alól végrehajtott visszavonulás után Lincoln, jobb híján, ugyan ismét rábízta a fővezérletet, de addigra a tábornok már elvesztette az elnök bizalmát, és nyilvánvaló volt, hogy még egy hadvezéri kudarc, és leváltják. Lincoln olyannyira nem bízott már benne, hogy a Harrison’s Landing-i visszavonulás után kettéosztotta az Unió Észak-Virginiában tevékenykedő haderejét. Akármilyen kelletlenül is, de meghagyta McClellant a Potomac Hadsereg élén, de a Nyugat-Virginiából kivont csapattesteket egyesítette McDowell a Potomac Hadseregből elvont hadtestével, hogy John Pope parancsnoksága alatt megalkossa belőlük a Virginiai Hadsereget. Pope, McClellannel szöges ellentétben, szélsőséges nézeteket vallott, és úgy vélte, a háború gyorsabban megnyerhető, ha szenvedést okoznak a Dél népének. Nem adatott meg neki a lehetőség, hogy megtudja, beváltak volna-e a durvább módszerei, ugyanis amíg Halleck, a McClellan utódjaként 1862 júliusában kinevezett új főparancsnok még McClellan hadseregének visszaszállításával foglalkozott a Virginiai-félszigetről, Lee felismerte a lehetőséget Észak megrohanására, sőt talán legyőzésére is egy nagy csatában, abban az időintervallumban, amíg az Unió két nagy serege, a Virginiai és a Potomac Hadsereg, még nem áll közvetlen összeköttetésben egymással. Lee a Rappahannock folyót választotta megindulási terepszakasznak. Azon a frontszakaszon Jackson sokat próbált, harcedzett csapatai álltak rendelkezésére. Az első csapást Jackson mérte, gyorsan és keményen Pope-ra Cedar Mountain mellett. Fontos csata ez, mert bár léptékét tekintve viszonylag kicsi volt, a völgyi hadjárattól eltérően Jacksontól inkább csatanyerő harcászati tehetsége, mint ravasz stratégiai gondolkodása bizonyítását igényelte. Ilyen természetű tehetségről a tábornok nem tett tanúbizonyságot. Nathaniel Banks, régi völgybeli ellenfele vezette az Unió seregét, amellyel szemben Jackson létszámfölényben volt, de mert az északi tábornok nem volt hajlandó belenyugodni a vereségbe, és mert katonái keményen harcoltak, Banks megfosztotta Jacksont a nagy győzelem lehetőségétől Cedar Mountainnél. Vigaszként csak a csatatér elfoglalását hagyta meg neki a csata végén, amely mindkét félnek nagyjából háromszáz elesett katonájába került, bár az Unió több eltűntet veszített, mint a Konföderáció.