A polgárháború második szakasza tulajdonképpen már Egyiptom újraegyesítésének első állomása volt. I. (Nebhepetré) Mentuhotep Kr. e. 1980 körül arathatott győzelmet a közép-egyiptomi tartományok felett, és ezzel kezdetét vette az ország újraegyesítésének folyamata. Manethón azzal jelezte a korszak fontosságát, hogy I. Mentuhotepet tette meg a XI. dinasztia megalapítójának. Ez a periódus annak ellenére is viszonylag nyugodtnak tűnik, hogy északon az uralkodóház, illetve a királyság politikai tartalmának bizonyos elemei kicserélődtek. Bár a thébai dinasztia által végrehajtott újraegyesítés a katonai hódításon nyugodott, az új rezsim igyekezett demonstrálni pártatlanságát, így például a korábbi, hérakleopoliszi kormányzat tisztviselőit saját adminisztrációs rendszerébe olvasztotta. A XI. dinasztia azonban határozottan thébai orientációjú volt, királyi székhelyét sem helyezték át a mindig is tradicionális fővárosi ranggal bíró Memphiszbe. Sírjaikat a thébai uralkodók nekropoliszában alakíttatták ki, és a thébai szokásoknak megfelelően sziklasírba temetkeztek. Ennek ellenére az újbirodalmi és a későbbi egyiptomi hagyomány a dinasztiaalapítóként és az ország újraegyesítőjeként számon tartott I. Mentuhotep alakját a legjelentősebb uralkodók közé sorolta, akit – az országot először egyesítő Ménészhez hasonlóan – egy újabb nagy korszakot nyitó uralkodóként tisztelt. A XI. dinasztia építési tevékenysége az ország egész területén kimutatható, és felélénkültek a Núbiába, a keleti sivatagba és a Szináj-félszigetre tartó nyersanyagbeszerző egyiptomi expedíciók.