Az utolsó jégkorszak elmúltával (Kr. e. 10 000 körül) az észak-afrikai térség klímája fokozatosan megváltozott: az éves középhőmérséklet megemelkedett, a csapadékmennyiség pedig jelentősen csökkent. Az európai jégtakaró visszahúzódásával az éghajlati övek eltolódtak, és a jégkorszak idején a szavannai övezetbe tartozó szaharai térség fokozatosan kiszáradt. A csapadék-utánpótlás elmaradása leapasztotta a Nílus vízszintjét, amelynek völgye a pleisztocén időszakban még mocsaras terület volt. Az éghajlat változását követte a flóra és a fauna változása is, amely maga után vonta a területen élő emberi közösségek életmódjának változását is. A kiszáradó szaharai térségből a népesség a folyóvölgy közelébe húzódott. A változás azonban fokozatos lehetett, hiszen még a Későkor idején is jelentős népesség élhetett a líbiai sivatag oázisaiban. Bár a vadgabonafélék fogyasztására már Kr. e. 15 000 tájékáról van forrásunk, a letelepedett életmód, illetve az élelemtermelés megindulása, azaz a neolitikus földművelő falvak kialakulása csak jóval később, a Kr. e. V. évezredben ment végbe. Az ókori Közel-Kelet többi régiójához képest késéssel kezdődő neolitikum okáról megoszlanak a vélemények. A kutatók jó része úgy véli, hogy e területen azért nem alakultak ki már korábban a neolitikus kultúrák, mert a Nílus-völgy gazdag hal- és vadállománya sokáig elegendő táplálékforrásul szolgált az itt lakók számára. A neolitikus időszak népességének nyelvi és etnikai hovatartozása kérdéses, a történeti időkben az országban beszélt egyiptomi nyelv az afroázsiai nyelvek családjához sorolható.