Az Aristoteles-művek középkori egyetemi előadásán kívül folyó, még a reneszánsz idején sem minden egyetemen megnyugvó vita nem kis mértékben érintette az orvosi stúdiumot is. Nemcsak a teológiára, hanem a filozófia, a jog és a teoretikus medicina tanítására is vonatkozott a determinatio veritatis, valójában a veritas ecclesiae, az egyházi igazság törvénye. Ennek végső elbírálása az egyházi hatóság feladata és joga volt. Aristoteles latinra fordított természetfilozófiai írásaiban és azok arab, zsidó kommentárjaiban olvashatók voltak olyan heterodox kijelentések, melyek az egyetem filozófiát tanító magisterek előadásában, különösen az ars fakultáson, bizonyos hittételekkel ellentétesek voltak, vagy annak tűntek.

Ilyen heterodox felfogás, ill. értelmezés miatt a párizsi szinodus 1210-ben excommunicatio terhe mellett tiltotta Aristoteles természetfilozófiai írásainak és azok kommentárjainak nyilvános és magán előadását. Ez a tiltás szerepel a párizsi egyetem 1215. évi statutumaiban is. A tilalom megismétlődik 1235-ben, az újonnan alapított toulousi egyetemen, amely pedig azáltal vonzotta magához a Párizst a tilalom miatt elhagyó magistereket és studiosusokat, hogy Aristoteles természetfilozófiai munkáinak előadását helyezte kilátásba, amit még az alapítás évében, 1229-ben meg is kezdett. IX. Gergely pápa egy revíziós bizottságot bízott meg 1231-ben az aristotelesi művek egyházi tanok szempontjából való vizsgálatával. Végül is 1252-ben legalizálták, 1255-ben pedig egyenesen előírták az aristotelesi tanok előadását a párizsi egyetemen (Chartularium Universitatis Parisiensis I. 552 és II. 280 ff). A hosszantartó vitának ez sem vetett teljesen véget, hiszen még Aquinói Tamás keresztény aristotelizmusa sem volt teljesen elfogadott Párizsban a 14. században. A filozófiai tévtanok kánoni prohibiciójára 1277-ben került ismét sor, amikor is Párizs püspöke az egyetemen előadottakból 219 teológiai és filozófiai tévtant ítélt el. A kánoni prohibicióra a medicina területén is számos esetben került sor, mivel az orvosi curriculumban is nagy gonddal ügyelek annak az elfogadott filozófiával való összhangjára. A teológiától független olasz egyetemeken, jóllehet főhatóságuk szintén az egyház delegált képviselője volt, ez alig jelentett problémát.