Az eljáró bíróság kijelölése akkor merül fel, ha a vonatkozó hatásköri- vagy illetékességi szabályok szerint nem állapítható meg az eljáró bíróság. A bíróságok között felmerült hatásköri vagy illetékességi összeütközés esetében az eljáró bíróságot az ügyész indítványának beszerzése után ki kell jelölni. A hatásköri, illetve illetékességi összeütközés lehet pozitív és negatív. Pozitív hatásköri vagy illetékességi összeütközésnél több olyan bíróság is van, amely le akarja folytatni az eljárást, míg negatív hatásköri vagy illetékességi összeütközés esetén nincs olyan bíróság, amely lefolytatná az eljárást. A kijelölésről a törvényszék másodfokú tanácsa határoz, ha az összeütközés a területén levő helyi bíróságok között; a kijelölésről az ítélőtábla határoz, ha a hatásköri összeütközés a területén lévő törvényszék és helyi bíróság között, avagy az illetékességi összeütközés a területén lévő törvényszékek vagy a területén lévő különböző törvényszékekhez tartozó helyi bíróságok között merült fel. A kijelölésről a Kúria határoz, ha a hatásköri összeütközés a különböző ítélőtáblákhoz tartozó törvényszékek és helyi bíróságok, a törvényszék katonai tanácsa és a törvényszék más tanácsa, illetőleg más törvényszék, a törvényszék és az ítélőtábla, Fővárosi Ítélőtábla katonai tanácsa és a Fővárosi Ítélőtábla más tanácsa, illetőleg más ítélőtábla, a Kúria és az ítélőtábla, avagy az illetékességi összeütközés az ítélőtáblák vagy különböző ítélőtáblákhoz tartozó törvényszékek, illetőleg helyi bíróságok között merült fel. Az eljáró bíróságot a Kúria jelöli ki akkor is, ha az illetékességet meghatározó körülmények nem állapíthatók meg.