A tudományos eredmények klinikai hasznosítása az orvosi gyakorlat számára elsődleges cél. Mindazok a megfigyelések, amelyek az előzőekben ismertetésre kerültek, egy furcsa alkalmazással klinikailag hasznosultak. Minden évben körülbelül félmillió amerikait fertőz meg egy Clostridium difficile nevű baktériumtörzs. A fertőzöttekben, akik közül mintegy 15 ezren meghalnak, ez a kórokozó a normális életet súlyosan hátráltató ismétlődő hányást, hasmenést okoz, aminek következtében a beteg képtelen elhagyni otthonát. A fertőzés antibiotikumokkal ugyan gyógyítható, ám a kúra 14 napig tart, az antibiotikum rendkívül költséges, és a betegek 30%-a a kezelés után visszaesik. Ráadásul a visszaesők 65%-a ellenállóbbá válik az antibiotikumos kezelésre. A fertőzés a hosszabb időt kórházakban töltötteknél gyakoribb. A több mint négy hétig kórházban kezelt egyének 50%-a fertőződött meg ezzel a baktériummal, míg a kórházban egy hétnél rövidebb időt töltőknél a fertőzés csak egy százalékban jelentkezett. A bélflóra megbomlott egyensúlyát a fertőzött egyéneknél helyreállítja a közeli rokonok székletéből kinyert baktériumok bejuttatása a beteg bélrendszerébe. Ilyenkor a beteget antibiotikummal kezelik, majd a közeli hozzátartozó friss székletéből kinyert baktériumkeveréket akár beöntés formájában, akár tisztítás után, a vastagbélben feloldódó burokban juttatják be a beteg szervezetébe. Ez a különleges transzplantáció a betegeknél azt eredményezte, hogy a bélflórájukban megnőtt a Bakteroidetes baktériumtörzs részaránya, és a beteg mikrobiomja a felnőtt mikrobiomhoz lett hasonló. Ugyanakkor szignifikánsan, mintegy 90%-kal csökkent a visszaesések előfordulási gyakorisága az antibiotikum-kezelés és a széklet-transzplantáció után.