A parányi, szabad szemmel nem látható, csak mikroszkóppal tanulmányozható élőlényeket összefoglaló néven mikroorganizmusoknak nevezik. A mikroorganizmusok között vannak az ember számára hasznosak, károsak és tekintélyes számban közömbösek. A mikroorganizmusok sok kárt is okoznak a világban, egyfelől a tetemes gazdasági kárt jelentő romlással, másfelől az élelmiszer-fertőzések, élelmiszer-mérgezések előidézésével. Az ember megbetegítésére képes mikroorganizmusokat kórokozóknak nevezzük, melyek az élelmiszerben való jelenlétük, illetve elszaporodásuk révén vagy mérgező anyagcseretermékeiket az élelmiszerrel elfogyasztva megbetegedést okozhatnak. A mikrobiológiai veszélyek közé soroljuk: szalmonella, Campylobacter, kólibacilus, yersinia, sigellák, bacillusok, staphylococcusok, hepatitisz A vírus, calici vírus, toxintermelő mikroszkopikus gombák. Fontos, hogy figyeljünk a mikroba és toxinja jelenlétére, szaporodására, a mikroba toxintermelésére, mikrobával fertőződésre, a mikrobák túlélésére. A mikroorganizmusok veszélye abban rejlik, hogy az élelmiszerben nem mindig okoznak érzékszervileg észlelhető elváltozást, az emberek gyanútlanul elfogyasztják a fertőzött, mikrobával szennyezett ételt.