A szegregációelmélet is abból indul ki, hogy a hátrányos helyzetű gyerekek deficitekkel kezdik meg iskolai tanulmányaikat. Ebben az elméletben is lehetséges a megfelelő fejlesztés, de csak akkor, ha a felzárkóztatást nem gátolja meg, sőt nem teszi lehetetlenné a szegregáció (Radó, 2019; Kertesi & Kézdi, 2012, 2005a, 2005b). Eszerint a tanulócsoportokban, osztályokban lévő hátrányos helyzetű gyerekek számaránya, sőt egyenesen a számuk lehet olyan nagy, hogy minden esélyegyenlőségre törekvés kudarcra van ítélve. Vannak szakemberek, akik ennél is konkrétabban fogalmaznak: ha egy átlagos létszámú hazai általános iskolai osztályban négynél több hátrányos helyzetű tanuló található, akkor ott a felzárkóztatás, a hátránykompenzáció lehetetlen (Fejes, 2016). Ennek okaként a szegregációelméletben olyan jelenségeket sorolnak az elmélet hívei, mint az, hogy túl sok hátrányos helyzetű tanuló jelenléte esetén a pedagógusnak túl sokat kell foglalkoznia a szükségképpen előálló konfliktusokkal. Túl nagy mértékben kell megosztania a figyelmét az erősebb tanulási támogatást igénylők és az önállóbb munkát végezni képes gyerekek között. Az ilyen osztályban kisebb az esélye annak, hogy a többiek számára mintát is jelentő, jó tanuló gyerekek legyenek, vagy ha vannak is, a csoportban kialakuló, a tanulással szembeni attitűdök túl erősek lesznek, és ezért a mintaszerep nem érvényesülhet. Az az ideális, ha egy-egy tanulócsoportban a hátrányos helyzetű gyerekek nincsenek túlreprezentálva, vagyis ha nincs szegregáció. Ennek az elméletnek a keretében a feladat az iskolarendszerben az intézmények szintjén, de az iskolákon belül is a tanulócsoportokban, osztályokban a minél heterogénebb összetétel kialakítása, a szegregáció mindenáron történő megakadályozása. Ezt az együttnevelést a pedagógiában integrációnak is nevezzük (miközben ennek a szónak is van több jelentése a szakma nyelvében).