A szabadalmi jogi fejezetben a szabadalmazható találmány és az oltalomból kizárható találmányok kapcsán részletesen volt szó a TRIPS 27. cikkéről. Ez az ITPGRFA fenti, szellemitulajdon-jogra vonatkozó rendelkezéseivel komoly konfliktusba kerülhet, különösen az USA kapcsán, amelynek az innovációban és szabadalmaztatásban betöltött szerepe vitathatatlan, és a TRIPS-nek részese, míg az ITPGRFA-nak (és a Biológiai Sokféleség Egyezménynek) nem az. Így az USA-ban olyan találmány is szabadalmazható, amely az ITPGRFA multilaterális rendszerében lévő genetikai erőforráson alapul. Az USA, hivatkozva a TRIPS 27. cikk 1. pontjára, követelhetné más országban is e szabadalmak elismerését. Az ITPGRFA 136 tagállama viszont nem tarthatja magát ahhoz a TRIPS-rendelkezéshez, hogy a technika bármely területéről származó találmány szabadalmi oltalmát elismerje, ugyanis azzal megsértenék az ITPGRFA 12.3. cikk d) pontját, amely tiltja a multilaterális rendszerben lévő genetikai erőforrásokon alapuló szellemitulajdon-jogok létrejöttét. Ilyen esetben az USA a WTO vitarendezési eljárását kezdeményezhetné a TRIPS megsértése miatt, mivel egy WTO-rezsimen kívüli, és a TRIPS-szel a fentiek szerint összhangban nem álló egyezményre hivatkozva TRIPS-tagállamok tagadhatják meg a TRIPS megfelelő alkalmazását másik TRIPS-tagállam hátrányára. A TRIPS 8. cikke szerint ugyan lehetséges közérdekből, a közélelmezés előmozdítása érdekében az ahhoz szükséges intézkedéseket meghozni, de csak akkor, ha ezek a TRIPS rendelkezéseivel összhangban állnak. És habár az ITPGRFA célja a közélelmezés javítása és az éhezés felszámolása, szellemi tulajdonra vonatkozó rendelkezései mégsem állnak összhangban a TRIPS-szel. Az USA esetében ráadásul nem alkalmazható a lex posterior derogat legi priori elv sem, ugyanis hiába későbbi jogforrás az ITPGRFA, az USA nem tagja, ezért esetében figyelmen kívül kell hagyni. Egy ilyen jogvita kimenetele sokesélyes, ugyanis a TRIPS rendelkezései sok tekintetben meglehetősen tág teret hagynak az értelmezésnek, de az mindenképpen megállapítható, hogy a TRIPS és az ITPGRFA normái egymással ellentétesek.1