A költséghatékonyság előtérbe kerülésével, az algoritmusok és a számítógépek fejlődésével, valamint a rendelkezésre álló adatbázisok folyamatos bővülésének eredményeként a virtuális szűrés az utóbbi években a vezérmolekula-keresés egyik elfogadott és ipari környezetben általánosan alkalmazott megközelítésévé vált. A fenti tényezők alapján a jövőben a VS tovább növelheti szerepét a gyógyszerkutatásban. A továbbfejlődés számos lehetséges területe közül kiemelendő a ligandumok és a fehérjék protomer/tautomer formáinak predikciója, a fehérjék flexibilitásának kezelése és a kötődési szabadentalpia becslése (különös tekintettel az entropikus és szolvatációs hatások figyelembevételére). Emellett a mesterséges intelligencia alkalmazása is új távlatokat nyithat a virtuális szűrési eljárások továbbfejlesztésében (lásd 4.6.5. fejezet). A módszerek technikai fejlesztése mellett azonban az is fontos lenne, hogy a VS-eljárások minél több vegyész, biológus és farmakológus számára legyenek elérhetőek, és használatuk minél kevesebb programozási és szakértői ismeretet igényeljen. A virtuális szűrési eljárások automatizált végrehajtása azonban nem mindig vezet megfelelő eredményre, az okok feltárásához és kijavításához pedig szakértői ismeretek szükségesek. Jóllehet a virtuális szűrésből származó találatok megerősítési aránya általában elmarad a HTS-találatokétól, a költségeket és az azonosított alapszerkezetek számát is figyelembe véve, a két módszer hatékonysága már összehasonlítható. Amennyiben a feltételek adottak, akkor a kémiai kiindulópontok számának maximalizálása érdekében a VS és a HTS különböző kémiai terekben (pl. VS a beszállítói és HTS a házon belüli adatbázison) történő párhuzamos megvalósítása ajánlott.