A korszerű gyógyszerkutatásban elképzelhetetlen egy olyan új gyógyszer forgalomba hozatala, amelynek hatásmechanizmusa és esetleges mellékhatásai ismeretlenek. A mellékhatásokat alapvetően két csoportra oszthatjuk, vannak az un. mechanizmus alapú mellékhatások, amelyek az adott vegyület hatásmechanizmusával közvetlen összefüggésbe hozhatók. Ezeket a mellékhatásokat célszerű már a célpont validálás stádiumában felmérni és a kutatási program sorsáról ennek ismeretében dönteni. A mellékhatások másik csoportjáért a vegyületek más makromolekulákkal (un. anti-célpontokkal) való kölcsönhatása (un. off-target hatás) a felelős. Ezek a mellékhatások értelemszerűen az adott mechanizmuson elért hatékonyság javításával (a dózis csökkentésével) és a más makromolekulákkal szembeni kölcsönhatásokkal szembeni szelektivitás fokozásával szoríthatóak vissza. A hatékonyság korai optimálás során történő túlzott fokozásának veszélyeiről már megemlékeztünk, ezért ez önmagában nem lehet megoldás az esetleges mellékhatások elkerülésére. Ezért vezérmolekula jelölt vegyületcsalád néhány tagját különböző enzimeken és receptorokon is meg kell vizsgálni. Mivel a legtöbb esetben az adott kutatóhelyen hozzáférhető tesztek száma korlátos, ezt a vizsgálatot célszerű külső kutatóhelyen megvalósítani. Ilyen vizsgálatokra szakosodtak például az Eurofin cég, amely több száz vizsgálatot kínál funkcionális receptoron és különböző enzimken (Cerep panel). Az ilyen részletes vizsgálatok költsége azonban jelentős lehet. Amennyiben a vizsgált vegyületek csak néhány (legfeljebb 5-6), a potenciális mellékhatások szempontjából kritikusnak tekinthető teszten mutatnak jelentősnek nevezhető aktivitást (pl. aktivitásuk nagyobb mint 50% a vizsgált 10, illetve 1 µM koncentrációban) úgy lehet esélyünk arra, hogy majd a vezérmolekula optimálás során a kívánt mértékben (100-1000-szeres mértékben) szelektívekké tegyük őket. Ennek előfeltétele azonban az, hogy a vizsgált vegyületek egyetlen jelentősnek talált aktivitása se legyen több nagyságrenddel erősebb a célponton tapasztalt hatásnál. A vezérmolekula azonosításának időpontjára optimális esetben a jelöltek a vizsgált rendszereken legalább 50-szeres szelektivitást mutatnak.