Keserű György Miklós (szerk.)

Gyógyszerkémia


4.2.1. A HTS szerepe a kémiai kiindulópont keresésében

A nagy áteresztőképességű szűrés (high-throughput screening, HTS) lényege nagyszámú ismeretlen hatású, de ismert szerkezetű kismolekula kampányszerű sorozatvizsgálata egy egyszerűen kivitelezhető, robusztus és hiteles biológiai tesztben. A szűrővizsgálat találatainak elemzésével azonosíthatóak a farmakológiai hatás és a kémiai kiindulópont-keresés szempontjából fontos szerkezeti elemek.
 
A HTS eredete
A nagy áteresztőképességű szűrés kifejlődése az 1980-as évek közepe táján indult meg (Pereira és mtsa, 2009), amit a molekuláris biológia, az automatizálás és a preparatív kémia és analitika területén elért technikai előrelépések tettek lehetővé. A molekuláris biológia módszerei révén megvalósítható lett a célpontul szolgáló biomolekulák (elsősorban rekombináns módszerrel előállított fehérjék, illetve célfehérjét kifejező sejtek) nagy tömegű és megfelelő minőségű előállítása. Kifejleszették az új célpontok sorozatmérésekben történő vizsgálatára alkalmas biológiai tesztrendszereket és az azoknak megfelelő műszeres hátteret. A preparatív kémia fejlődésének következtében pedig kialakult a nagyszámú, kémiailag azonosítható, megfelelő tisztaságú gyógyszerszerű szerves kismolekulát tartalmazó vegyülettárak előállításának és megfelelő tárolásának technológiája.
A HTS kezdeti szakaszát túlnyomórészt 96 cellás mérőlemezen végzett, elválasztási lépéseket tartalmazó kötődési és enzimkinetikai tesztek jellemezték, melyek tipikusan fotometriás és szcintillációs radiometriás detektáláson alapultak. Az ezt követő évtizedben detektálás, reakció-térfogat és áteresztőképesség tekintetében is jelentős fejlődés történt. A 2000-es évek elejére az általánosan használt formátum a 384 cellás mérőlemez lett, majd megjelentek az 1536 és 3456 cellás mikrolemezek is, amelyekben a reakció-térfogat akár néhány μl is lehet (4.2.1. ábra). A HTS-laboratóriumok áteresztőképessége elérte a napi 100 000 adatpontot (ez az uHTS, az ultra-high-throughput screening), a vezető gyógyszeripari cégek vegyülettárainak mérete pedig átlépte az 1 millió egyedi vegyületet (Mayr és mtsa, 2009). Ekkora léptékű vizsgálatokhoz célszerűen a legpontosabb, legmegbízhatóbban megvalósítható, elválasztási lépéseket nem tartalmazó teszteket alkalmazták, a vegyületeket pedig a tesztelés során költséghatékonysági okokból gyakran nem egyesével, hanem keverékként vizsgálták.
 
 
Az ezredfordulót követően azonban a nagy áteresztőképességű tesztelésre alapozott gyógyszerkutatási programok eredményességében a fenti erőfeszítések ellenére sem tükröződött a léptéknövelés előnye. A választott tesztek prediktív erejével, az alkalmazott technológiák robusztusságával, a vegyülettárakban található vegyületek fizikai kémiai tulajdonságaival, továbbá a kémiai kiindulópont azonosításának szempontjaival kapcsolatban kételyek fogalmazódtak meg, ezért a HTS-trendekben fordulópont következett be (Macarron és mtsai, 2011).
A vegyületkönyvtárakat célzottan kiindulópont-keresést célzó vegyületcsoportokkal bővítették és javították a szűrésre kerülő vegyületek átlagos fizikai kémiai tulajdonságait. Növelték a szűrőkampányok során a farmakológiai adatok minőségét és a vizsgált biológiai jelek relevanciáját, amihez specifikus spektroszkópiai detektálásokon alapuló kifinomult teszteket alkalmaznak, egyre gyakrabban élő sejtes környezetben.
A költségek optimalizálására a gyógyszergyárak ismét használják vegyületkeverékek szűrését, és általánosan elterjedt a teljes vegyületkönyvtár helyett a diverz alkönyvtárak szűrése (Nissink és mtsai, 2014; Bell és mtsai, 2016; Schuffenhauer és mtsai, 2020). Az újszerű biológiai célpontok jelentette kihívást a szűrési módszertár bővülése, az iteratív vagy párhuzamos ortogonális szűrési kampányok megvalósítása, továbbá fejlett keminformatikai és adatbányászati módszerek igyekeznek ellensúlyozni (Lanne és mtsai, 2023).
 
A HTS alkalmazása a gyógyszerkutatásban
A gyógyszerkutatás korai fázisában a nagy áteresztőképességű tesztelést számos módon hasznosítják. Gyakran a (hagyományos) diverzitásalapú HTS-megközelítést használják, amihez a teljes vegyülettárat vagy az azt kémiailag a lehető legjobban képviselő, válogatott részt vizsgálják. Fókuszált HTS során szerkezeti vagy egyéb, számítógéppel segített virtuális szűrés (lásd 4.6. fejezet) során válogatott vagy célzottan előállított molekulakönyvtárakat vizsgálnak az adott célpontra. Ez a megközelítés a célpont vagy annak ligandumai alapos ismeretében, megfelelő in silico támogatással, továbbá iteratív módon alkalmazható különösen hatékonyan. Az utóbbi megközelítéseknek nagy segítségére van az elmúlt évtizedekben az automatizált mintakezelés és kis térfogatú adagolás területén történt jelentős műszaki előrelépés. A nagy áteresztőképességű sorozatmérések körébe tartozik továbbá a célpont-azonosítás két kampányszerűen kivitelezhető módszere, az árva receptorok (orphan receptors) ligandumainak felderítése és a célpontfehérjék azonosítását szolgáló RNS-interferencia- vagy CRISPR-szűrések (lásd 2. fejezet). Az első esetben a genetikai úton felismert, ismeretlen szerepű lehetséges támadáspontok, például sejtfelszíni fehérjék lehetséges ligandumait szintetikus szerves vegyületek helyett biológiailag aktív (akár ismeretlen hatásmechanizmusú) molekulák, szövet- és szervkivonatkeverékek gyűjteményének vizsgálatával azonosítják, míg a genetikai csendesítéses vagy kiütéses eljárásokban kis interferáló RNS (small interfering RNA, siRNA) vagy CRISPR-Cas9 rendszerrel alkalmazott guide RNS-könyvtárak tömeges szűrésével vizsgálják adott biológiai válaszok modulációját, és ezen keresztül az azokra ható potenciális fehérjepartnereket. A HTS ezenkívül az akadémiai kutatásban is elérhetővé vált, ahol különösen célpontspecifikus farmakológiai eszközök keresésére hasznosítható (Roy, 2018).
A kémiai kiindulópont-keresés egyéb módjaival összevetve a HTS-alapú megközelítés az alábbi esetekben mutathat fel jelentős előnyöket:
Új biológiai célpont. A HTS tűnik az egyik leghatékonyabb és leggyorsabban kiaknázható megközelítési módnak újszerű, ismert kismolekulás ligandumokkal nem rendelkező, ismeretlen szerkezetű vagy ismeretlen kötőhellyel rendelkező célpont esetén.
Komplex célpont. Nehezen izolálható vagy komplex makromolekuláris célpont esetében a HTS széles élő sejtes módszertárával (lásd később) lehet a legalkalmasabb az elvárt hatású ligandumok azonosítására. Hasonlóan, integráns membránfehérjék újszerű ligandumainak keresésére továbbra is a HTS az egyik legáltalánosabban használható megközelítés.
Újszerű hatásmechanizmus. A HTS alkalmazása célravezető lehet – szemben a javarészt affinitásalapú egyéb szűrési módszerekkel – nem ismert vagy nehezen vizsgálható molekuláris hátterű kölcsönhatások funkcionális szűrése révén, így például az agonizmus/aktiváció, allosztérikus moduláció, funkcionális szelektivitás vagy az állapotfüggő kölcsönhatások esetén.
 
A nagy áteresztőképességű tesztelés korlátai
A HTS-megközelítést az előzőekben bemutatott előnyök mellett korlátok és hátrányok is jellemzik, amelyeket érdemes a gyógyszerkutatás korai szakaszában mérlegelni.
Idő- és költségigény. Egy nagy áteresztőképességű teszt beállítása, kivitelezése, majd az abból kapott eredmények feldolgozása és hasznosítása akár több mint egy évet is igénybe vehet, ami a kiindulópont-keresésben jelentős időveszteséget jelent.
Beruházásigény. Egy HTS-laboratórium eszközparkjának kialakítása, működtetése, karbantartása és a technológiai fejlődést követő folyamatos korszerűsítése jelentős beruházást igényel. További igen jelentős forrást igényel a megfelelő minőségű és méretű vegyülettár kialakítása, fenntartása, tárolása, karbantartása és bővítése.
A kémiai tér korlátozott mintavételezése. A tipikusan 1–10 μM koncentrációtartományba eső hatáserősséggel rendelkező találatok szükséges molekulamérete (300–500 Da) esetén a becsült teljes gyógyszerszerű kémiai tér reprezentáltsága még több millió különböző mintából álló vegyülettár esetén is rendkívül alacsony (lásd 4.6. fejezet).
Mérsékelt hatáserősségű találatok. A HTS-találatok a biogén anyagoknál, illetve a már ismert szintetikus szerves kismolekuláknál általában jóval kisebb hatáserősséget mutatnak, tipikusan az 1–10 μM koncentrációtartományba eső EC50/IC50 értékekkel rendelkeznek. A HTS-találatok hatáserősségének növelése ezért prioritást élvez a kutatás kezdeti szakaszában, ám ehhez a folyamathoz magából a HTS-ből – diverzitásalapú HTS esetén – általában kevés közvetlen információ áll rendelkezésre. A találatok alapvető szerkezet–hatás összefüggéseinek feltárása ezért lassíthatja a találatok továbbfejlesztésének korai szakaszát.
Korlátozott információtartalom. A HTS-tesztekben azok egyszerűsége miatt gyakran csupán egy, általában a vizsgált jelenségből közvetve származtatott paraméter meghatározására nyílik mód, és ezért az így szerzett információ a HTS-futást követően minél hamarabb kiegészítésre szorul. Az HTS-kampányban azonosított aktívakra ezért meghatározandó a hatás specificitása, koncentrációfüggése és szelektivitása, továbbá hasznos a célpont fajok közti ortológjainak vizsgálata és a pontos hatásmechanizmus azonosítása. Ez a vizsgálatsor, főként nagyszámú aktív esetén, további jelentős erőforrást igényelhet.
A sorozatméréssel járó hibalehetőségek. Az automatizált, sorozatban elvégzett nagyszámú mérési műveletek számos hibaforrást vonnak maguk után. Ilyenek a folyadékadagolási hibák (eldugult vagy változó pontosságú adagolóeszköz), az fáziselválasztási lépések hibái (tökéletlen folyadékeltávolítás szűrési vagy mosási lépés esetén), az inkubálási problémák (az inkubálási idő eltérése az optimumtól, párolgási veszteség inkubáció során, pozicionálás eltérés a mérőlemezen tenyésztett sejtek számában), illetve a reagensek instabilitása a biokémiai mintákhoz képest tartós oldatfázisú tárolás során (kitapadás a mérőlemez vagy tárolóedény felszínére, fényérzékeny anyag bomlása, fehérje denaturálódása, sejtszám vagy fehérjekifejeződés változása). Ezek az automatizálásból eredő hibák emberi felügyelet mellett sem kerülhetők el teljes mértékben, ezért minimalizálásuk a nagy áteresztőképességű tesztek kidolgozása során jelentős figyelmet igényel.

Gyógyszerkémia

Tartalomjegyzék


Kiadó: Akadémiai Kiadó

Online megjelenés éve: 2026

ISBN: 978 963 664 145 0

A kötet az Akadémiai Kiadónál 2011-ben Gyógyszerkutatás kémiája címen megjelent kézikönyv hagyományaira alapozva a kismolekulás gyógyszerkutatás eszköztárára és módszertanára fókuszál. Újdonságot jelent a magyar nyelvű szakirodalomban, hogy a modern gyógyszerkémiai felfogásnak megfelelően nem pusztán a meglévő gyógyszerkincs kémiáját mutatja be, hanem betekintést enged a kismolekulás gyógyszerek felfedezésének stratégiájába is.

Hivatkozás: https://mersz.hu/keseru-gyogyszerkemia//

BibTeXEndNoteMendeleyZotero

Kivonat
fullscreenclose
printsave