A várható gyenge kölcsönhatások miatt a fragmenskönyvtárakat a HTS esetében szokásos 1–10 mikromoláris tartománynál jóval magasabb koncentrációban kell szűrni. Ehhez elengedhetetlenül szükséges a jó oldhatóság, ami a fragmensmolekuláktól jellegzetesen hidrofil tulajdonságot követel meg. Ez a hidrofil karakter pedig a már korábban említett okokból jelentős előnyt szolgáltat a fragmenstalálatoknak a gyógyszerszerű találatokkal szemben. A lipofilitás optimalizálás során gyakran tapasztalt emelkedése annál hatékonyabban kontrollálható és tartható az elfogadható tartományban, minél alacsonyabb az induló érték.

A fragmensmegközelítés a kémiai kiindulópontok azonosításában tehát alapvetően az egyszerű, kis méretű molekulák magas koncentrációtartományokban történő szűrését jelenti. A fragmenstalálatok (úgynevezett „frit”-ek) általában gyenge affinitású hidrofil molekulák, amelyek a tradicionális gyógyszerkémia számára a múltban érdektelenek voltak. Ugyanakkor a fragmensmegközelítés használatával elérhető megnövekedett sikerarány, és az új vezérmolekula-családok felfedezésének ígérete azzal a gyakorlati következménnyel jár, hogy az amúgy is hosszú, drága és nehézkes preklinikai gyógyszerkutatási paradigma még egy lépéssel, nevezetesen a fragmens optimalizálásával bővül (4.3.2. ábra). A fragmensszűrés bevezetésével a gyógyszerkutatás nem egyszerűsödött, sőt valószínűleg összeségében még költségesebbé és hosszabbá válhatott. Ezzel szemben olyan biológiai célpontok is modulálhatóvá válhatnak, amelyek esetében a korábban létező technikák nem voltak sikeresek, és ezért a fragmensek bevezetésével új utak nyílhatnak meg a gyógyszerkutatásban. Az idő- és költségtényezők figyelembevételével minden vállalatnak, illetve intézménynek magának kell eldöntenie, hogy a megnövekedett sikerarány megéri-e a befektetést, és ha igen, akkor milyen problémákra használják az új megközelítést. Ezen okokból kifolyólag a gyógyszeripari gyakorlatban ahány vállalat, annyiféle megvalósítás található a fragmensalapú gyógyszerkutatás vonatkozásában. Az egyes stratégiák nem csupán az alkalmazott technikák és könyvtártípusok szemszögéből nézve különböznek, hanem abban is, hogy a fragmenseket melyik kutatási fázisban és milyen fehérjecsaládokra vetik be. Azonban a 2020-as évekre a fragmensalapú megközelítés – sikerei következtében – általánosan elfogadott és legtöbbször a HTS-alapú szűréssel párhuzamosan lefolytatott hit-keresési folyamattá vált. A párhuzamos hit-keresések egyik előnye, hogy a különböző megközelítések (gyakran a számítógépes virtuális szűrés és a már ismert molekulából induló hit-keresés is egyszerre történik) esetleg eltérő vagy szinergikusan kihasználható eredményeket szállíthatnak, aminek kombinációs kihasználása a hit- és vezérmolekula-fejlesztés során a folyamatot gyorsíthatja vagy sikerrátáját növelheti.