A reaktív funkciós csoport lehet a fragmens alapvázának része (4.3.17. ábra A) vagy az alapvázhoz valamilyen láncon („linker”-en) keresztül kapcsolt külön elem (4.3.17. ábra B). Utóbbi elrendeződés megkönnyíti a fragmensek szintézisét, mert nem kell egyenként akár többlépéses kémiai reakciósorral beépíteni változatos reaktív funkciós csoportokat különböző gyűrűs rendszerekbe, hanem „csupán” egy vagy néhány robusztus reakcióval pár, előre gyártott warhead-et tartalmazó molekularészt kell összekapcsolnunk meglévő fragmensekkel.

 

Végül, fontos szempontként kell figyelembe venni a warhead kiválasztásakor, hogy annak reaktivitása megfelelő legyen a fragmens várható nem kovalens kapcsolódásának mértékéhez (Petri és mtsai, 2025). A fragmensek kis méretüknél fogva gyengén kötődnek fehérjékhez, azaz a zsebben eltöltött tartózkodási idejük rövid, ezért a reaktív funkciós csoportnak kevesebb idő áll rendelkezésre a megfelelő aminosavhoz kötődés energiagátjának leküzdésére. Ennek következménye, hogy a fragmensen található kovalensen kötődő csoport reaktivitása várhatóan nagyobb kell legyen, mint a fragmensből továbbfejlesztett gyógyszerszerű és a zsebhez erősebben kötődő molekula warheadjének reaktivitása.

A hagyományos nem kovalens fragmensszűrési technikák (NMR, röntgendiffrakció, SPR, in vitro biológiai teszt) mindegyike alkalmas kovalens fragmenskönyvtárak szűrésére is. Azonban irreverzibilis kötés létesítése esetén további lehetőségek is adódnak, amelyek a kovalens megközelítést különösen attraktívvá teszik. A leggyakrabban használt technika ilyen esetben a tömegspektrométeres analízis, amivel nemcsak a fehérjében bekövetkezett kovalens változás, hanem a beépült fragmens tömege is meghatározható a fehérje tömegváltozása alapján, elősegítve a fragmenskeverékek szűrését. Az irreverzibilitás másik hatalmas előnye, hogy lehetővé teszi a sejtes közegben történő szűrést, az úgynevezett kemoproteomikát. Ilyenkor a kovalens könyvtár molekulái egy kovalens warhead-csoporton kívül általában a fragmenstől távoli pozícióban még egy pluszelemet tartalmaznak, aminek segítségével a fragmensek hatására a sejtben történt változásért felelős fehérjék feldúsíthatók vagy kinyerhetők (Backus és mtsai, 2016; Abbasov és mtsai, 2021). További előnyként jelentkezik, hogy az irreverzibilis kovalens kötés nem változik tripszines lebontás során, aminek segítségével a pontos kötőhely (a fehérje aminosavja) is kísérletileg meghatározható. Ezen új megoldások kihasználásával a kemoproteomika a 2020-as évekre elterjedt technológiává vált új molkuláris hatásmechanizmusok felfedezésére.