A szájon át történő antibiotikum-kezelés hirtelen és erőteljesen megváltoztatja a bélbeli mikrobiota összetételét, következésképpen befolyásolja az emésztőtevékenységet. Ezáltal az antibiotikumok szintén okozhatnak hasmenést. Az összetett szénhidrátok emésztése romlik, és esetleg olyan, az adott antibiotikumra rezisztens baktériumok juthatnak szelektív előnyhöz, amelyek nem komponensei a szervezet rezidens mikrobiotájának, vagy kezelés nélkül legfeljebb kisebb arányban lennének jelen. Ennek következtében a bélflóra felborul, a bél falát fedő „jóindulatú” baktériumréteg védő hatása megszűnik. A rostemésztés csökken, és az emésztetlen vízmegkötő rostok nagyobb aránya miatt hígabb bélsár képződik – így antibiotikum-kezeléshez kötődő hasmenés alakul ki. Ennek nem mond ellent az a több mint ötvenéves tapasztalaton alapuló megfigyelés, miszerint az alacsony dózisú antibiotikum-kezelés a háziállatok takarmányához keverve testtömeg- és teljesítményfokozó hatású. Kis adagban és nem lökésszerűen (nem terápiás célból) alkalmazva az antibiotikumok mintegy kiegészítik a szervezet immunrendszerének erőfeszítéseit a bél hasznos, rezidens mikrobiotájának kialakítására és fenntartására, szelektív előnyben részesítve és fokozatosan hozzászoktatva a bélflóra normál komponenseit az adott antibiotikumhoz. Ugyanakkor az efféle hozamfokozók nagymértékben növelik annak veszélyét, hogy a kórokozók antibiotikum-rezisztenciát alakítanak ki, hiszen ezek is találkoznak a szervezetből folyamatosan ürülő, tört dózisú antibiotikummal. Így az ilyen takarmányt fogyasztó állatok környezetében feldúsulnak a rezisztens mikroorganizmusok. Ezért a legtöbb országban ma már tilos az antibiotikumok hozamfokozóként való alkalmazása.