Az egyéni különbségek tárgyalása során ki kell térnünk a nemek közti különbségek kérdésére is. A baba születése pillanatában már gondolkodásra képes, ehhez megfelelő idegsejthálózat áll a rendelkezésére. Az idegsejtek között a kapcsolatok idővel alakulnak, szelektálódnak, megerősödnek és bejáratódnak. Minden gyermeki agy alapvetően egyforma, mégis az apró egyéni különbségek miatt egyedülálló. Születéskor nagyjából annyi idegsejt van a baba agyában, mint egy felnőttnek, csak a közöttük lévő kapcsolatok még nem annyira bejáratódva működnek, s ezért nem tud olyan gyorsan gondolkozni, mint egy felnőtt. A lányok általában korábban önállósodnak, és így valamivel gyorsabban fejlődnek. Sokszor hamarabb produkálják a gondolkodásbeli s így a nyelvi mérföldköveket is. Előbb kezdik el használni a nyelvi képességekért túlnyomórészt felelős bal agyféltekéjüket, zömében korábban mondják ki első szavaikat, és előbb lesznek képesek bonyolultabb, árnyaltabb nyelvhasználatra. Ezek a kezdeti különbségek azonban idővel elhalványodnak, eltűnnek, s a nemek képességei összeérnek, sőt iskoláskorban, tízéves kortól kezdődően a fiúk számos tekintetben átveszik a vezetést. Felnőttkorban a férfi- és női agy jellemzően eltérő erősségeit, illetve tulajdonságait szokták kiemelni, amely különbségek megalapozzák a férfiak és a nők közti eltérő viselkedési, társas és egyéb szokásrendszert (erről bővebben lásd Pléh 2012). Szintén lányoknál alakul ki erősebb kapcsolat a két agyfélteke között, ami megmagyarázhatja, hogy a lányok miért tudnak egyszerre több dologra koncentrálni, míg a fiúk inkább egy dologra szeretnek és tudnak jobban figyelni. E férfi-női különbségek veleszületett alapokra helyezik a nyelvelsajátítás számos mozzanatát, mégis sok tényező arra utal, hogy a környezeti ingerek feldolgozása, a mintakövetés szintén fontos mozgatórugója a nyelvtanulásnak.