Az Y kromoszóma szerkezeti elváltozásának, illetve az ezzel összefüggő nemi kromoszóma mozaicizmusnak klinikai szempontból másik vetülete, hogy az így kialakuló dysgenetikus gonádok malignus elváltozásának rizikója 20–25 százalék, ami az átlagosnál jóval magasabb. A gonadoblastoma veszélye az olyan női fenotípusú, mozaikos kariotípusú betegeknél a legnagyobb (30 százalék), akiknél a csíkgonádban és/vagy az ovariumban az Y kromoszóma vagy annak valamilyen töredéke megtartott. A Turner syndromával diagnosztizált betegek 8–12 százalékában azonosítanak Y kromoszómát hordozó sejtvonalat, és nagy részükben az Y kromoszóma szerkezeti rendellenessége, mitotikus instabilitása okolható a syndroma kialakulásáért. A legerősebb onkogén hatással a TSPY gén (Testis Specific Protein Y) által kódolt testis specifikus Y fehérje bír, amely az Y kromoszóma rövid karjának MSY régiójában, 35 kópiában található meg. Korábban általában a radikális megoldást, a gonadectomiát választották a malignus transzformáció megelőzésére. Napjainkban a nemi kromoszóma mozaicismussal járó aszimmetrikus gonádokból megtartják azt, amelyik homogén szövetű, jól differenciált – női fenotípus esetén az ovariumot, férfi fenotípus esetén az Y dominanciájú scrotális herét. A pontosabb rizikóbecslés a gonadoblastomáért felelős TSPY gén kimutatási lehetőségén és a modern ultrahangkészülékek használatán alapszik. Az esetleges malignitás időbeni felismeréséhez elengedhetetlen a beteg szoros nyomon követése.