Az Innova kutatás elméleti modelljeinek, ahogy arra már utaltunk, fontos eleme az ágensek szerepének kiemelt kezelése. Ez jól tükröződött mind az empirikus kutatás eszközrendszerében, mind az adatelemzésekben: a legtöbb esetben az ágensek (egyének és szervezetek) alkották az elemzési egységet, azaz ezek innovációs aktivitását és viselkedését vizsgáltuk. Ugyanakkor az eszközrendszerünket úgy konstruáltuk meg, és az adatelemzéseinket úgy végeztük, hogy az innovációs produktumokat és folyamatokat (keletkezés és terjedés) is elemzési egységként kezelhessük. Ez jelent meg többek között abban, hogy a kérdőíveink egyik szakasza nem az ágensek viselkedésére, hanem egy-egy általuk kiválasztott konkrét innovációra vonatkozott, és az elemzéseink jelentős része kifejezetten konkrét innovációkat és innovációs folyamatokat vett célba. E kettősség nagy erővel irányítja rá a figyelmet az innovációs folyamatok mérésére törekvő empirikus innovációkutatások egyik olyan elméleti dilemmájára, amely a korábbi elméleti szintézisekben csekély figyelmet kapott. Ez a dilemma az empirikus innovációkutatások legfontosabb referenciapontjának számító Oslo kézikönyvben (OECD/Eurostat, 2018) az objektum és szubjektum megközelítés (object/subject approach) kettőségeként fogalmazódik meg. Erre már az eddigiekben is tettünk utalásokat, de szükséges még visszatérni.