A fordított adózás szabályait az Áfa tv. 142. § (1) bekezdése tartalmazza. Ennek lényege, hogy az áfatörvényben nevesített termékbeszerzéseknél, szolgáltatások nyújtásánál az általános szabályoktól eltérően az általános forgalmi adót a termék beszerzője, szolgáltatást igénybevevője fizeti meg. Például ilyen tevékenység lehet az olyan építési-szerelési és egyéb szerelési munka, amely ingatlan létrehozatalára, bővítésére, átalakítására vagy egyéb megváltoztatására irányul, feltéve, hogy az ingatlan létrehozatala, bővítése, átalakítása, egyéb megváltoztatása építési hatósági engedélyköteles vagy építési hatósági tudomásulvételi eljáráshoz kötött, amelyről a szolgáltatás igénybe vevője előzetesen és írásban köteles nyilatkozni. Az államháztartási számviteli szabályok szerint ezekben az ügyletekben a szerződések, kötelezettségvállalások nem tartalmazzák az előzetesen felszámított általános forgalmi adó összegét, itt pénzforgalmi tranzakció nem keletkezik. A fordított általános forgalmi adót kizárólag a pénzügyi számvitelben lehet, és kell elszámolni, a költségvetési számvitelbe ilyen tételek nem kerülhetnek be. A költségvetési szerveknek az adóbevallásukba kell ezt az általános forgalmi adót beállítani és az általános szabályok szerint megállapítani a visszaigényelhető, vagy a fizetendő általános forgalmi adót. A költségvetési szerveknél nagyon sokszor problémát okoz az az elszámolás, hogy a pénzforgalmi elszámolásaikban a fordított általános forgalmi adó nem mindig jelenik meg az adóbevallások sajátossága miatt teljes összegében. Ez különösen problémát jelent olyan esetben, amikor a költségvetési szerv pályázati bevétel terhére vásárol olyan terméket vagy szolgáltatást, amelyik a fordított adózás alá tartozik, és az általános forgalmiadó-kiadás nem vonható le, és a pályázati bevétel lenne a forrása. Ilyenkor az elszámolások dokumentációjából hiányzik az általános forgalmiadó-kiadás kifizetési dokumentuma, mivel itt konkrét kifizetés majd csak az adóbevallás alapján történik. A pályázati elszámolásokhoz, ha a finanszírozó kéri a kifizetési dokumentumot, és nem elegendő csak számlaösszesítőt készíteni, akkor az adóbevallás hitelesített másolatát lehet csatolni, és ehhez egy részletes levezetést az általános forgalmiadó-analitikából, ahol egyértelműen kiderül, hogy az adott pályázati elszámoláshoz milyen általános forgalmiadó-kiadás kapcsolódik. A fordított adózáshoz hasonlóan kell eljárni a NAV határozatában kiszabott közösségen belüli beszerzések után fizetendő általános forgalmi adó elszámolásánál is, mivel ezt sem lehet a költségvetési számvitelben kimutatni.