Az általános forgalmi adó befizetési kötelezettséget, illetve a visszaigénylési jogosultságot az adóbevallás keletkezteti. Az Áhsz. 1. § (1) bekezdés 6. és 9. pontjában meghatározott követelés és végleges kötelezettségvállalás fogalmak (értelmező rendelkezések) is ezt támasztják alá. Az általános forgalmi adó bevallását minden esetben az általánosforgalmiadó-analitikából kell összeállítani, és nem a pénzügyi számvitel könyvviteli számláiból. Az Áfa tv. XI. fejezete tartalmazza az adó nyilvántartásával kapcsolatos szabályokat, így a költségvetési szerveknek is ennek megfelelően kell eljárniuk. Abban az esetben, ha az adott havi, negyedéves adóbevallás szerint fizetendő általánosforgalmiadó-fizetési kötelezettség keletkezik, akkor ezt a fizetési kötelezettséget elő kell írni végleges kötelezettségvállalásnak az adott időszak adóbevallása alapján, mind a két számvitelben. A fizetési kötelezettség pénzügyi teljesítését az általános szabályok szerint kell elszámolni. Abban az esetben, ha visszaigényelhető általános forgalmi adó keletkezik, azt követelésként kell a B407. rovaton nyilvántartásba venni, mind a két számvitelben. Itt a pénzügyi teljesítés történhet konkrét pénzforgalomban, akkor ezt bevételi teljesítésként az általános szabályok szerint kell elszámolni. Előfordulhat olyan eset is, hogy pénzforgalom nélkül történik az elszámolás, ha más adónemre kell átvezettetni a visszaigényelhető általános forgalmi adót. A költségvetési számvitelben ezt el kell számolni bevételi teljesítésként, a pénzügyi számvitelben a másik adónem kötelezettségét kell a visszaigényelhető általános forgalmi adó követelésével összevezetni (pl. T 4211, 4212 – K 3514).