A pszichiátriai betegségek szindrómális megközelítésének korlátai szükségessé tették új kutatási irányok meghatározását (Pingault, Pouga és mtsai, 2012). Egy ilyen lehetséges irány az endofenotípusokon alapuló megközelítés. E megközelítés egyik legfontosabb előnye az, hogy a mentális betegségek mélyebb megértését teszi lehetővé. Ez annak köszönhető, hogy a gének és a viselkedés közti hézagot igyekszik csökkenteni azáltal, hogy neurális köröket tár fel és figyelembe vesz neurokémiai folyamatokat is. Következésképp növelheti a terápiás folyamat hatékonyságát. Az affektív idegtudományi elmélet (Davis és mtsai, 2003; Davis és Panksepp, 2011; Panksepp, 1998) – meghaladva az „egy deficit – egy személyiségvonás – egy agyi struktúra” összefüggést – a szocioemocionális készségeket alapvető érzelmi rendszerekhez köti és a pszichiátriai zavarok kialakulását e rendszerek túlműködésére vagy a rendszerek közti egyensúlytalanságra vezeti vissza. Egy-egy megbetegedés hátterében tehát nemcsak egy adott érzelmi rendszer működési zavara állhat, hanem a rendszerek közti egyensúly-szabályozási nehézségek is. Mivel az affektív idegtudományi alapokon nyugvó ANPS kérdőív elsődleges érzelmi rendszereket mér, és alátámasztást nyert, hogy a skálákon elért pontok értelmezhetők az érzelmi endofenotípusokra jellemző sajátosságok tükrében (Pingault, Falissard és mtsai, 2012), hasznos eszköz lehet nemcsak egy adott rendszer működési zavarának megértésében, hanem a rendszerek közti egyensúlytalanság feltárásában is. Tekintettel arra, hogy az endofenotípusok markerei lehetnek biológiaiak (pl. agyi morfológiai vagy funkcionális változások), kognitív jellegűek (pl. figyelmi torzítás) vagy pszichológiaiak (pl. önkitöltős kérdőívben megmutatkozó, temperamentumból eredő negatív érzelmi túlsúly), az ANPS kérdőív a pszichológiai markerek módszertani eszközeit gyarapíthatja és könnyen illeszthető egyéb vizsgálati metódusokhoz (pl. kísérleti pszichológiai paradigmák, agyi képalkotó eljárások, szemmozgáskövetés, genetikai vizsgálatok). Például a negatív érzelmek túlsúlya az ANPS FÉLELEM skáláján mérve társulhat fenyegető ingerekre mutatott hipervigilanciával (azaz figyelmi torzítással kísérleti kontextusban mérve) és az amygdalában regisztrált erőteljes aktivitással (azaz eltérő agyi funkcionális válaszmintázattal fMRI-vel regisztrálva), genetikai szinten pedig a szerotonin transzporter gén rövid allél változatával.