Brown (1998, 2000) fonológiai interferencia modellje (phonological interference model) szintén fonológiai szempontból vizsgálja az L2 beszédhangok észlelésének problémáját, és az L1 fonológiai rendszerének erre kifejtett hatását. A modell alapját egy, a generatív nyelvészetnek egy nem-lineáris irányzatából származó fogalom, a jegygeometria szolgáltatja (Clements 1985), amely szerint a beszédhangok képzési jegyei belső hierarchikus struktúrát alkotnak (amit az univerzális grammatika tartalmaz), valamint az egyes reprezentációkat az eltérő struktúrájuk különbözteti meg egymástól. Az akusztikai ingert a jegygeometria kódolja fonémává az észlelés folyamatában. Az absztrakt reprezentációk jegygeometriai struktúrájában az egyszerűség és a gazdaságosság elvén csak a kontrasztív jegyek tárolódnak, míg az előre megjósolható, nem kontrasztív jegyek nem. Az OPM-hez hasonlóan a nyelvelsajátítás e modell szerint is veleszületett nyelvi univerzálék által megy végbe, azaz a gyermek univerzális jegygeometriával születik, ami a fejlődéssel anyanyelv-specifikussá válik. Ezért később, az L2 elsajátításánál a transzfer révén a köztesnyelvben az L1 jegygeometriája kezdetben csak az anyanyelvi szembenállásokra érzékeny, ami gátolhatja az L2-re jellemző akusztikai sajátosságok észlelését. Ha az L1 jegygeometriájában nincs jelen az az L2-ben kontrasztívnak számító jegy, ami két L2 beszédhang jegygeometriai reprezentációját megkülönbözteti, akkor a nyelvtanulók eleinte nem lesznek képesek a két beszédhangot megkülönböztetni egymástól. Azonban a nyelvi tapasztalat növekedésével az L2 tanuló képes az L1 képzési jegyeket átstrukturálni, és ezáltal az L2 szembenállásokat is megtanulni észlelni. Brown (2000) kísérletében különböző anyanyelvű csoportokkal, köztük japán beszélőkkel készített az angol /r/-/l/ beszédhangokra vonatkozó diszkriminációs kísérletet. Az angol nyelvben az /r/ és az /l/ két különböző fonéma lévén a jegygeometriai reprezentációjuk struktúrájában is eltér, ami az /r/ esetében a képzési hely csomópontjához tartozó retroflex, avagy [+koronális] jegyből adódik. A japán hangrendszerben azonban nincs ilyen különbségtétel, a koronális approximánssal nem áll szemben laterális (vagy egyéb) approximáns, tehát a japán anyanyelvűek számára (az L2-tanulás kezdetén) csak egyetlen (a képzési hely csomópont szintjén specifikálatlan/alulspecifikált) reprezentáció létezik, melyet a beszélők az angol L2 két különböző fonémájához kell rendelniük (20. ábra). Brown szerint ezért ütközött nehézségekbe a japán anyanyelvűek feldolgozási folyamata az angol /r/ és /l/ diszkriminációjában.