A természetes fonológia alapfeltevése, hogy vannak velünk született „fonetikai képességeink”, amelyek természetes folyamatokként jellemezhetők. Ezek a folyamatok kétfélék lehetnek: szintagmatikai folyamatok, amelyek leegyszerűsítik a szegmentumok artikulációját (ilyenek: a nazálisok hasonulása zörejhangok előtt, a nazális mássalhangzót megelőző magánhangzók nazalizációja) vagy paradigmatikai folyamatok, amelyek az egyes szegmentumok artikulációs vagy akusztikai tulajdonságait kiemelik (például az egyik szabály a magánhangzókat [−nazális]-ként jellemzi, a nazális magánhangzók ugyanis kevésbé különülnek el egymástól, mint a nem-nazálisak). A két folyamat gyakran kerül egymással konfliktusba. Ilyen helyzet áll elő a magánhangzók nazalizációjánál: a paradigmatikai folyamat szerint a nazális mássalhangzó előtt álló magánhangzónak nem-nazálisnak kellene lennie, a szintagmatikus folyamat szerint meg éppen nazálisnak. Ezt a konfliktust vagy a két folyamat alkalmazási sorrendjére tett kikötéssel, vagy nyelvsajátos megszorítással lehet feloldani. A nyelvelsajátítás folyamán a gyermek megtanulja, hogy egyes esetekben nem működnek a természetes folyamatok. Így például a szintagmatikai folyamatok közé tartozik a szótagvégi zörejhangok zöngétlenedése. A magyar gyermeknek meg kell tehát tanulnia, hogy ez a folyamat a magyarban nem érvényes: a bab ejtése nem [bɔp], hanem [bɔb].