Bár a motoros és a vokális ticek jelenléte határozza meg a Tourette-szindróma diagnózisát, perceptuális és kognitív nehézségekkel is gyakran találkozhatunk, melyek legtöbbször sokkal nagyobb problémát okoznak, mint maguk a ticek. Mint arról már korábban többször is szó volt, a neurobiológiai kutatások leginkább a frontális lebeny és a bazális ganglionok szerepét emelik ki a motoros tünetek kialakulásában, mely rendszerek nemcsak a motoros, hanem a szindrómát kísérő kognitív tüneteket is befolyásolják. Még nagyon kevés eredmény született arra vonatkozólag, hogy tulajdonképpen milyen specifikus kognitív nehézségekkel is találkozhatunk Tourette-szindrómában. A vizsgálatok az első pszichológiai kutatások óta számtalan gondolkodási funkció vizsgálatát megcélozták. A korai tanulmányok kis elemszámú csoportokkal dolgoztak, és hagyományos rajzteszteket, valamint a Wechsler Intelligenciateszt egyes altesztjeit használták, és arra a következtetésre jutottak, hogy Tourette-szindrómában a vizuomotoros koordináció enyhe zavarával találkozhatunk. Mindezek mellett a szindrómában szenvedők esetében sokszor az intelligenciatesztekben a nem verbális hányados 15 ponttal is alacsonyabb lehet a verbálisnál, azt azonban mindenképpen fontos kiemelni, hogy az összintellektuális teljesítmény semmiben sem tér el az átlagostól. Az újabb keletű vizsgálatok a már említett végrehajtó funkciók egyes elemeit (például a fenntartott figyelem, az impulzuskontroll, a gátlás, a tervezés, organizáció, a gondolkodás rugalmassága stb.) tanulmányozták. A szakirodalom sajnos nem mutat egységes képet a szindrómával járó kognitív hiányosságok meghatározásában. Ennek főleg módszertani okai vannak, de az biztos, hogy a társuló ADHD-val együtt nagyon megnő a valószínűsége annak, hogy a tervezés, a döntéshozatal, a figyelem és a munkamemória zavarával találkozunk. A szindrómához társuló OCD esetén a személy állandó ellenőrzési kényszere, tökéletességre való törekedése miatt lassabban végezheti feladatát, illetve gondolkodása is meglassúbbodhat, ami szintén hátrányos helyzetbe hozhatja. Ezeknek a funkcióknak a vizsgálata a gyógypedagógus és a neuropszichológus feladata, akik az esetleges tanulási és életvezetési problémákról nemcsak részletes véleményt, hanem terápiás tanácsokat is adnak.