A szegregációelmélet is abból indul ki, hogy a hátrányos helyzetű gyerekek deficitekkel kezdik meg iskolai tanulmányaikat. Ebben az elméletben is lehetséges azonban a megfelelő fejlesztésük, de csak akkor, ha a felzárkóztatást nem gátolja meg, sőt, nem teszi lehetetlenné a szegregáció (Radó, 2019; Kertesi & Kézdi, 2012, 2005a, 2005b). E szerint a tanulócsoportokban, osztályokban lévő hátrányos helyzetű gyerekek aránya, sőt, egyenesen a számuk lehet olyan nagy, hogy minden esélyegyenlőségre törekvés kudarcra van ítélve. Vannak szakemberek, akik ki is mondják, ha egy átlagos létszámú hazai általános iskolai osztályban négynél több hátrányos helyzetű tanuló található, akkor ott a felzárkóztatás, a hátránykompenzáció lehetetlen (Fejes, 2016). Ennek okaként a szegregációelméletben olyan jelenségeket sorolnak az elmélet hívei, mint azt, hogy túl sok hátrányos helyzetű tanuló jelenléte esetén a pedagógusnak túl sokat kell foglalkoznia a szükségképpen előálló konfliktusokkal; túl nagy mértékben kell megosztania a figyelmét az erősebb tanulási támogatást igénylők és az önállóbb munkát végezni képes gyerekek között; az ilyen osztályban kisebb az esélye annak, hogy a többiek számára mintát is jelentő, jó tanuló gyerekek legyenek, vagy ha vannak is, a csoportban kialakuló, a tanulással szembeni attitűdök túl erősek lesznek, és ezért a mintaszerep nem érvényesülhet. Az az ideális, ha egy-egy tanulócsoportban a hátrányos helyzetű gyerekek nincsenek túlreprezentálva, vagyis, ha nincs szegregáció. Ennek az elméletnek a keretében a feladat az iskolarendszerben az intézmények szintjén, de az iskolákon belül is a tanulócsoportokban, osztályokban a minél heterogénebb összetétel kialakítása, a szegregáció mindenáron történő megakadályozása. Ezen elmélet egyik következtetése, hogy az esélyegyenlőtlenség problémája valójában oktatáspolitikai, -irányítási, -szervezési probléma. Ezzel kapcsolatos a szegregációelmélet sok hívének az az érvelése is, hogy az erősen szegregált iskolarendszerekben a hátrányos helyzetű tanulókat nagy arányban nevelő iskolákat rendszerint diszkriminálja a rendszer: anyagi ellátottságuk elmarad az átlagostól, gyengébb teljesítményre képes pedagógusok vállalják csak az ilyen iskolákban való tanítást, az innovációs programok kisebb valószínűséggel érik el ezeket az iskolákat (Radó, 2018).