Bár nem volt közvetlen cél a programok hatásvizsgálata a fogalom tudományos szinten elfogadott értelmezésében, az implementációs összefüggések felrajzolásához számba kellett venni, milyen hatások előidézésére lehettek képesek a vizsgált fejlesztési programok. Amint azt korábban többször kiemeltük, a kutatás megalapozó szakaszában a programok hatásának két fő dimenzióját különböztettük meg: a mély és a tartós jelleget. Mély hatásként értelmeztük, ha a program által támogatott módszerek beépültek a mindennapi tanulásszervezési módszerek közé, hatásukra a tanulói motiváció és eredményesség pozitív változása volt érzékelhető, a pedagógusok és a vezetők megfelelő irányú kognitív és affektív váltásokon mentek keresztül, illetve, ha a szervezeti kultúra is nyitottá vált az új típusú működés felé. Tartós hatásként értékeltük, ha az implementáció utáni időszakban (esetünkben öt-tíz év után) érzékelhetőek voltak a szervezetben a fejlesztés generálta változások, tovább éltek a program által támogatott módszerek vagy azok igény szerint továbbfejlesztett változatai, a programok szellemiségének megfelelő szervezeti működés jellemezte az intézményeket, a formális és informális elvárások támogatták az innovatív módszerek használatát, s ezeken túlmenően a vezetők és pedagógusok kapcsolódó tényszerű tudása is időről időre erősödött.