Az adatgyűjtési szakaszok során beérkező válaszokat két adatbázis egyesítette. Tekintettel arra, hogy szervezeti és egyéni szinten létrehozott kisebb innovációkat vizsgáltunk, az adatbázisaink alapvető struktúráját az aktorok adták (szubjektumperspektíva) és ehhez rendelődtek hozzá a konkrét innovációra vonatkozó adatok (objektumperspektíva). Az egyik adatbázis szervezeti szinten, a másik egyéni szinten rendszerezte a rendelkezésre álló adatokat. A vezetői adatbázis tartalmazta a vezetőktől származó szubjektum- és objektummegközelítéssel gyűjtött adatokat az első és a második adatfelvételből, illetve ezekhez kapcsolta hozzá az adott szervezetben dolgozó beosztott munkatársak aggregált mutatóit. Az egyéni adatbázisban a beosztott munkatársaktól származó szubjektum- és objektummegközelítéssel gyűjtött adatokhoz kapcsoltuk az első és második adatfelvételből származó vezetői válaszokat mint munkahelyi mutatókat vagy kontextusváltozókat. Továbbá fontos jellemzője az adatbázisoknak, hogy ahol technikailag megoldható volt, integráltuk az Országos kompetenciamérési mutatókat is (lásd 8. táblázat). Az adatok összekapcsolása intézményi azonosítók használatával történt.