A legkisebb eltávolodást az arisztotelészi felfogástól a XVII. század az anyag szerkezetének kutatása terén érte el. Ez természetesen nem csoda. A meglepő inkább az volt, hogy a jón természetbölcselők éppen a legnehezebb kérdéssel kezdték a tudományos vizsgálódást. Az anyagszerkezet-kutatásnál ugyanis – mint ahogy ezt már többször hangsúlyoztuk – a legnehezebb elkülöníteni azt az elemi jelenséget, amely a maga tisztaságában tárja fel az alapjelenséget. Ezen időpontig a kémia és a metallurgia már igen sok gyakorlati eredménnyel büszkélkedhetett. Ezek közül azonban egyik sem volt alkalmas arra, hogy útmutatást adjon az anyag szerkezetére vonatkozó egzakt vizsgálatokhoz. A kérdés megoldása, de még a helyes felvetése is a XVIII–XIX. századra várt. Nem mintha nem lettek volna próbálkozások már a XVII. században is. Mindenki, akiről eddig szó volt, valamilyen formában foglalkozott az anyag mibenlétével is. Így Galilei igen óvatosan bár, de megkísérelt néhány idevonatkozó kérdésre a démokritoszi atomelmélet felújításával válaszolni. A nehézség itt elsősorban ideológiai volt: az atomelmélethez ugyanis már az ókortól kezdve szorosan hozzátartozott az ateizmus mint eszmei háttér. Emlékezzünk csak vissza Lucretius költeményére, amelyben az atomelmélet és minden földöntúli élet, valamint hatalom kategorikus tagadása szerves egységet alkot. Az örök és változhatatlan atomok eleve kizárták mind a teremtés, mind pedig az isteni beavatkozás lehetőségét.