A thalamotomia ugyanazokkal az általános szövődményekkel járhat, mint más stereotaxiás beavatkozások. Intracranialis vérzés és gyulladás alakulhat ki 2–5%-ban, műtéthez kapcsolódó mortalitást pedig 0,5–1%-ban írtak le. Más specifikus komplikációk thalamotomia után a pontatlan vagy túlzottan nagy méretű laesiókból származnak. A túlságosan lateralisan elhelyezett laesiók az ellentétes oldali végtagok gyengüléséhez vezethetnek, ami azt jelenti, hogy a laesio a capsula interna hátsó szárára is ráterjedt[52]. A betegek kb. 25%-a panaszkodhat kontralaterális facialis gyengeségre, feltehetőleg a perifokális ödémának a capsula internára történő terjedése következtében. Az esetek 3–30%-ában fordul elő múló jellegű kontralaterális felső végtagi gyengeség, ami csak az esetek 1–15%-ában bizonyul maradandónak[52, 53, 54]. Különösen kétoldali beavatkozások után megfigyelhető morbiditás a beszédnehézség. Ilyenkor a betegek kb. 30%-a panaszkodik dysarthriára, dysphasiára és hypophoniára, ami azonban csak kb. 10%-ban maradandó[52, 53]. A motoros thalamusban túlságosan dorsalisan kialakított laesiók az ellenoldali testfél érzészavarához vezethetnek, ami a szenzoros Vc mag felsértésére utal. Zsibbadás vagy paresztézia a szájban vagy az ujjakban 1–5%-ban fordulhat elő[55, 56], míg múló zavartság 10–20%-ban, kognitív és memóriadeficit pedig 1–5%-ban[52, 56]. Idősebb betegekben, akiken kognitív működési zavar preoperatívan már kimutatható volt, vagy a képalkotó vizsgálat során (CT, MRI) morfológiai (például vascularis) elváltozások nyomai látszottak, a posztoperatív kognitív zavarok kialakulása nagyobb arányú.