A Hounsfield és munkatársai által az 1970-es években bevezetett komputertomográfia (CT) lehetővé tette, hogy közvetlenül vizualizálható legyen az agyszövet, valamint annak erei intravénás kontrasztanyag alkalmazásával. A CT lényeges torzítás nélküli képalkotó eljárás, és a műtermékek sem befolyásolják jelentős mértékben a geometria pontosságát. Ez a stereotaxia szempontjából döntő fontosságú, arany standardnak is nevezhetjük a stereotaxiás képalkotásban. A szeletvastagság és a morfológiai felbontás azonban szegényesebb, mint MR-vizsgálat esetén. A jel-zaj arány korlátozza a szeletvastagságot, és a sokszeletes CT is alátámasztja az izotrop voxel iránti igényt. A gyenge morfológiai szöveti differenciálásnak az az oka, hogy mindössze 4096-féle denzitás használható. Az összes többi képalkotó modalitás, mint az intraoperatív röntgen, az angiográfia és az MR, magában hordozza a torzítás lehetőségét. Az intraoperatív röntgenképalkotás során szükséges volt nagy távolságot tartani a műtőben a cső és a film között. Sokméteres távolság és szűrés kellett a többé-kevésbé párhuzamos sugárnyaláb-terjedés, és így kismértékű vagy minimális torzulás eléréséhez. Valamennyi angiográfia esetén elkerülhetetlen a matematikai korrekciós programok használata, és még így is maradnak pontatlanságok.