Az MR esetében az izocenterben minimális a torzítás, de ahogy távolodunk tőle, egyre növekszik. Stereotaxia esetén fontos a sok szeletet készítő képalkotó eljárással nyert szeletek sorba rendezése, vagyis hogy lehetőleg ne legyen átfedés és kimaradás. A jel-zaj arány minden készülék használatakor más, és a szeletvastagság, valamint a mágneses mező erősségétől függ. A több izotrop voxel miatt a 3D adatok megbízhatóbbak, mint a 2D adatok, ezenkívül a torzulásnak is kisebb a valószínűsége. Fontos megemlíteni, hogy a többsíkú rekonstrukciók az aránytalan, anizotrop voxelben az anatómiai struktúrák geometriai elhelyezkedésében további pontatlanságokat okoznak. Az 1,5 T Siemens készülék Tra MPR3D-ben T1-szekvenciában 1,2 mm-es, míg a Tra TSE-ben T2-szekvenciában 2 mm-es léptetést és 0,2 ml/tskg kontrasztanyag-erősítést alkalmazunk, 8 csatornás fejtekerccsel. Az „inversion recovery” vagy a diffúziós szekvenciák (3T-MRI) további információval szolgálhatnak a beteg bazális ganglionjainak egyéni elhelyezkedését illetően. MR-ben a következő összetevők hozhatók összefüggésbe a rendszerben okozott geometriai torzulásokkal: nemlineáris gradiensek, a mágneses mező inhomogenitásai, a gradiens mező nagyítási faktorai, a légörvény által indukált zavaró tényezők, az objektum által okozott (offset rezonancia) kémiai eltolódás és indukált inhomogenitás (szuszceptibilitási hatások). A mágneses mező inhomogenitása és a nemlineáris gradiensek okozta hordótorzítással találkozhatunk – maximum 4 mm-es, hordó alakú torzítás korrekció nélkül és azzal együtt: ~1 mm az izocenterben vagy maximum 4 mm-es, úgynevezett „potato chip“ („burgonyaszirom-”) torzulás nem releváns probléma 3D képalkotás esetén. Egy másik forma a „bow tie distortion“ („csokornyakkendő-torzulás”): a korrekció meglehetősen bonyolult 2D technikával, de nem releváns probléma 3D képalkotás során. A kötőformától (víz-zsír) függő protonok rezonanciafrekvenciája által létrehozott kémiai eltolódás helytelen voxelpozicionálást okoz – egyenesen arányos a mágneses mező (B0) erősségével, és fordítottan a gradiens frekvenciájával (sávszélességével); a látótér (field of view – FOV ↓) szűk kell, hogy legyen. A beteg által indukált hatások az olyan, különböző szövetek közötti határok esetén észlelt inhomogenitások, mint a levegő/csont (2,10 mm) vagy a levegő/szövet (2 mm) átmenet. Ez nem egyenesen arányos a gradiensfrekvenciával (FOV ↓).