A kromoszóma szerkezet kialakulásában tehát az MPF által foszforilált kondenzin játszik szerepet.

A metafázisos kromoszóma jellegzetes részei a következők. Mivel a DNS az S fázisban megkettőződött, a kromoszóma két kromatidából áll, amelyek ekkor már csak az elsődleges befűződés, a centromér régiónál kapcsolódnak egymáshoz. A DNS szintézis után a DNS molekulákat, a kohezinek tartják össze. A kohezinek többsége a kromoszóma kondenzáció során, már a profázisban leválik, a metafázis végére már csak a centroméra területén marad meg. Miután innen is leválnak a kohezinek, anafázisban szét tudnak válni a kromatidák. A centroméra elhelyezkedése alapján osztályozzák a kromoszómákat (lásd citogenetika). A centroméra DNS szekvenciája meglehetősen konzervatív, az interfázisban is heterokromatikus, repetitív ún. szatellita DNS-t tartalmaz. A DNS szerveződésben specifikus centromérikus fehérjék és a foszforilált H3 hiszton játszik fontos szerepet. A centromér régió kijelöli a kinetokor helyét. A profázis és prometafázis alatt a centroméra területén jalakul ki a kinetokor, amihez a kinetokor mikrotubulusok (kb. 30–40) kapcsolódnak. Morfológiailag a kinetokor egy három rétegből álló fehérje lemez, ami többek között dinein, de kinezin típusú motor fehérjét is tartalmaz. Ismeretes egy autoimmun betegség, a scleroderma, amelynek az oka, hogy a szervezet antitesteket termel valamelyik kinetokor fehérje ellen.

Vannak olyan kromoszómák, az emberi genomban 5 pár, amelyeken másodlagos befűződés is van. Itt nagy kópiaszámban található a nagy (45S) rRNS génje, ezért ezt NOR-nak, nukleoláris organizátor régiónak nevezik (lásd még a magvacskánál).