Ha azonban az mRNS 5’ vége olyan nukleotid szekvenciát tartalmaz, ami egy rövid hidrofób aminosavakból álló peptidet, a szignál szekvenciát kódolja, a fehérje szintézise az endoplazmás retikulum membránján lévő riboszómákon fog folytatódni és befejeződni. Ebben szerepet játszik a szignál felismerő részecske, az angol kifejezésből – signal recognition particle – alkotott betűszóval, az SRP. Az SRP hat proteinből és egy 7S RNS molekulából álló komplex. Az SRP felismeri a szignálszekvenciát (szignál peptidet), hozzá és a riboszómához kapcsolódik. Amíg a szignál peptidet, a riboszómát és az mRNS-t az endoplazmás retikulumhoz viszi, félbe marad a fehérjeszintézis. Az SRP az endoplazmás retikulum membrán SRP receptorához köti a fenti komplexet. Ezután az SRP leválik, a fehérje szintézise pedig folytatódik tovább. A riboszóma, a nagyobbik alegységén keresztül kötődik az endoplazmás retikulum ún. riboszóma receptorához (IV.11. ábra).

A transzlokonokról kimutatták, hogy lényegében hidrofil pórusok, igen dinamikus struktúrák, a fehérjeszintézis végén, a riboszómák leválása után bezáródnak vagy szétszerelődnek. Mivel mind az SRP, mind a SRP receptor GTP-GDP kötőhelyekkel, illetve GTPáz aktivitással rendelkezik, feltételezik, hogy GTP kötéséből és hidrolíziséből adódó konformációs változások játszhatnak szerepet az SRP ciklusában, és a fehérjék membránon keresztüli transzlokációjában is. A modell szerint a következőképpen. A szabad SRP GDP-t köt, azonban a riboszómán képződő szignálpeptidhez való kapcsolódása után, térszerkezetének megváltozása miatt GTP-t fog kötni. Az így aktiválódott SRP, és az ER felszínén található SRP receptor, amely szintén GTP-t köt, felismerik egymást és összekapcsolódnak. Ugyanakkor a riboszóma is specifikusan kötődik az ER riboszóma receptorához. Az SRP leválik a szignálpeptidről és a riboszómáról, majd a GTP hidrolízise után a receptoráról is. Ezután a szignálpeptid a transzlokonon keresztül, bekerül az endoplazmás retikulum lumenébe.

A vizsgálatok eredményei azt mutatják, hogy a fehérjeszintézis előrehaladtával a riboszóma és a membrán közötti kapcsolat fokozatosan gyengül, végül a szintézis végén a riboszóma leválik a membránról és szétesik alegységeire. Tehát a riboszómák csak időlegesen vannak a membránon, és többek között ezért sem indokolt a sima és a durva felszínű endoplazmás retikulum merev szétválasztása.

A DER üregébe került fehérjék sorsa háromféle lehet: a lumenben maradnak, beépülnek a membránba vagy vezikulumokkal a Golgiba szállítódnak. A transzlokáció és a szintézis befejeztével, amennyiben a fehérje nem membránfehérje, a szignálpeptid a szignál peptidáz hatására levágódik, és a protein a lumenbe kerül. A DER üregébe jutott fehérjék egy kisebb része ott is marad. A C terminális végen négy aminosavból álló szignál (retenciós vagy visszatartó szignál) a jele az ER lumenben maradó fehérjéknek. Ezek nagy része olyan, amely az újonnan szintetizált proteinek térszerkezetének kialakítását, vagy a rosszul hajtogatottaknak a kijavítását végzi (lásd később).

Természetesen vannak olyan proteinek, amelyek a DER membránjának alkotói, ezek szintén itt maradnak. Az integráns fehérjék sokféleképpen helyezkedhetnek el a membránban (IV.12. ábra).

A fehérjék szintézisén kívül a fehérjék glikozilálása (rövid szénhidrátláncokkal való ellátása) is az endoplazmás retikulumban, annak üregében történik. Az endoplazmás retikulum lumenében és membránjában maradó fehérjéktől eltekintve, a szintetizált proteinek vezikulumokba csomagolódva a Golgiba, onnan a lizoszómákba, szekréciós vezikulumokba, a plazmamembránba kerülnek, és ezek túlnyomó többsége glikozilálódik.

Pontosabban itt a DER-ben az ún. N-glikoziláció történik, azaz a fehérjék aszparagin aminosavainak aminocsoportjára kötődik egy 14 monoszaharidból álló oligoszacharid lánc. Ez a lépés a transzlációt és inszerciót követően azon nyomban elkezdődik. Az endoplazmás retikulum dolichol lipidjeihez nagy energiájú pirofoszfát kötéssel két N-acetilglükózaminból, kilenc mannózból és három glukózból álló oligoszacharid-lánc kapcsolódik. Ezt az oligoszacharid transzferáz helyezi rá a fehérjékre. Szinte azonnal megkezdődik a szénhidrátlánc átalakítása, három lépésben három glükóz és egy mannóz vágódik le róla. A további átalakításokra viszont már a Golgiban kerül sor.

A Golgiba azonban, csak a megfelelő térszerkezetű lumen és membránfehérjék juthatnak át, és ennek érdekében az DER-ben, ún. minőség ellenőrzés történik. Ebben számos ún. csaperon, a térszerkezetet kialakító, illetve hajtogató enzim molekula segédkezik. A protein diszulfid izomeráz (PDI), pl. a szabad –SH csoportokhoz kapcsolódik, és diszulfid kötéseket alakít ki. A BiP (binding protein) a hidrofób területeket (a fehérje belsejében kellene lenniük) ismeri fel a proteinek felületén. A kalnexin és a kalretikulin a már glikozilált fehérjékhez kötődik. A fenti és ezeken kívűl még számos protein nem csupán felismeri a hibákat a fehérje szerkezetében, de azt megpróbálja ki is javítani. Amennyiben ez nem sikerül, a rosszul hajtogatott, nem megfelelő térszerkezetű fehérje nem mehet tovább a Golgiba, hanem feltehetőleg a transzlokonon át a citoszolba jut, ahol a proteaszómában (lásd később) lebomlik. A fehérjék minőség ellenőrzése, mint a fenti példákon láttuk, kizárólag a szerkezeten alapul, ami természetesen nagyon fontos a fehérje működése szempontjából, de előfordulhat az is, hogy ugyan hibás szerkezetű a fehérje, de a funkciója megfelelő lenne. Az ilyen fehérjéket az ER minőség ellenőrző rendszere kivonja a forgalomból. Több példája is van ennek a „túlbuzgóságnak”. A cisztás fibrózis, autoszomális recesszíven öröklődő betegség, amelynek a leggyakoribb oka az, hogy a hibás szerkezetű, de megfelelő működésű plazmamembrán Cl–-ioncsatornát az ER nem engedi továbbszállítani a Golgiba, hanem mint hibás molekulát kiszállítja a citoszolba. Hasonló az oka az α1-antitripszin-hiány okozta emphysemának is.