Az uráli alapnyelv hangrendszeréről, valamint az alapnyelv után történt hangváltozásokról vallott általános felfogás módosult valamennyire ahhoz a szemlélethez képest, amely az 1970-es évekig uralkodott és például az UEW-ben is tükröződik. Janhunen (1981) és Sammallahti (1988) kulcsfontosságú munkái már pontosabb képet alkottak az uráli magánhangzótörténetről, és a szamojéd bizonyítékanyag alapján megerősítették a nyolcadik proto-uráli magánhangzónak, az *i̮-nek (vagy *e̮‑nek) a létezését (ezt a fonémát már egyes korábbi kutatók is rekonstruálták, l. pl. Gombocz 1940). Az új évezredben pedig Zhivlov (2014) és Aikio (2012; 2015) kutatásai újabb magánhangzó-történeti kérdésekre derítettek fényt: bővebb uráli etimológiai anyag alapján a problematikus finn sarvi ~ számi čoarvi ~ md. śuro ’szarv’ típusú szavakat a finnségi megfelelők alapján inkább *ćarvi (*a–i) típusúnak rekonstruálták, nem pedig *ćorva (*o–a) típusúnak (amit korábbana számi és a mordvin megfelelők alapján széles körben feltételeztek).1 Ők már nem tettek fel az uráli vagy finnugor alapnyelvre hosszú magánhangzókat, hanem inkább szabályos hangváltozások eredményeiként tartották számon ezeket a finnségi és a számi nyelvekben. A mai felfogás szerint a proto-uráli magánhangzó- és mássalhangzórendszer a következőképpen nézett ki (l. Aikio 2022, 5; Zhivlov 2023, 118):

 

A nem-kardinális hátsó magánhangzó hangértéke vitatott: a zárt *i̮ jobban kiegészítene egy szimmetrikus fonémarendszert, a középső nyelvállású *e̮ melletti érv pedig az, hogy ez az indoiráni kölcsönszavakban megfelel a nyílt hangértékű indoiráni *a magánhangzónak (l. Holopainen 2019, 327). A proto-uráli alapnyelvre korábban rekonstruált palatális szibiláns (*ś) és affrikáta (*ć) közül mostanában csak az egyik meglétét tételezik fel, és tipológiai okokból valószínű, hogy ez a fonéma inkább affrikáta volt (Zhivlov 2014, 114, 3. lábjegyzet). Az *š szibiláns elég ritkán fordul elő az uráli szókincsben (l. Aikio 2022, 7), azért az alapnyelvi státusza bizonytalan. A *δ, *δʹ és *x fonéma a fonotaktikai disztribúciója alapján kontinuáns, talán spiráns volt, de a pontos hangértékük nem világos (l. Honti 2013, 8–17; Aikio 2022, 7). Mivel a mai proto-uráli rekonstrukcióban a *x csak magánhangzók közti helyzetben fordul elő néhány proto-uráli szóban, Aikio kételkedik annak fonéma voltában. A nem-első szótagokban a magánhangzórendszer az első szótagihoz képest jóval szegényebb volt: csak egy nem-nyílt (*i vagy *ə) és két nyílt magánhangzó (*a, *ä) rekonstruálható egyértelműen, és az utóbbiak is a magánhangzó-harmónia miatt előforduló variánsoknak tekinthetők (l. bővebben Kallio 2012, 163–164).