Franz Anton Schiefner 1817. július 6-án Revalban (a mai észtországi Tallinnban) született. Édesapja Csehországból vándorolt be Oroszországba, ahol kereskedői tevékenységet folytatott. Schiefner 1831-ben a revali úgynevezett „lovag- és dóm-iskola” (Ritter-und Domschule) 3. osztályába iratkozott be, s ettől kezdődően itt végezte gimnáziumi tanulmányait. Már revali tanulóévei alatt érdeklődni kezdett a nyelvészet iránt, amit Plate igazgatónak és egy Pabst nevű tanárnak köszönhetett. Ők mindketten a klasszikus nyelvek és a történelem alapos ismerői, s egyúttal a görög és latin klasszikus szerzők szellemes magyarázói voltak. 1836-ban itt szerzett érettségi bizonyítványt, majd a Szentpétervári Állami Egyetem Jogi Karán folytatta tanulmányait. A jogtudomány iránti érdeklődéséhez az is hozzájárulhatott, hogy anyai nagybátyja, Schneider államtanácsos – aki gimnáziumi igazgató és jogtanár is volt – adta elő a szentpétervári egyetemen a római jogot. Schiefner szorgalmasan folytatta jogi tanulmányait és 1840-ben canditatus jurisként hagyhatta el az egyetemet. A jogászi karrier azonban nem vonzotta, ezért gyakorlati pályán sohasem dolgozott. Jogi tanulmányainak befejezése után érdeklődése a nyelvészet felé fordult, ezért 1840–1842 között a Berlini Egyetemen a keleti nyelveket, ezek közül különösen a szanszkrit nyelvet tanulmányozta.

Ezt követően visszatért hazájába, és 1843-tól kezdődően a latin, majd 1849-tól a görög nyelv tanára lett a Szentpétervári Első Gimnáziumban. A görög nyelvet 1852 júliusáig oktatta, mert ebben a gimnáziumban ekkortól megszüntették a görög nyelv oktatását. 1848-tól az 1724-ben Nagy Péter cár által alapított Szentpétervári Tudományos Akadémia könyvtárának második osztályában könyvőri feladatokat vállalt.

1852-ben a Szentpétervári Tudományos Akadémia III. osztályának keleti szakosztályában a tibeti nyelv és irodalom tanulmányozásával megbízott segédtaggá (adjunctussá), két évvel később pedig, 1854-ben rendkívüli (extraordinarius) taggá választották. További előmenetelre nem nyílt módja, mivel haláláig nem ürült meg rendes tagsággal járó hely a keleti szakosztályban. Ennek ellenére 1861-től kezdődően már a rendes tagokéval megegyező fizetést kapott. Schiefner kinevezésére azért kerülhetett sor, mert a keleti szakosztály felismerte az Orosz Birodalomnak az ázsiai szomszédjaihoz fűződő viszonyának jelentőségét és ennek következtében intenzívebbé kívánta tenni a kelet- és közép-ázsiai nyelvek kutatását. E nyelvek közé tartozott a tibeti nyelv is, amelynek tanulmányozásával Schiefner akkor már hat éve foglalkozott. Több akadémiai kiadású tanulmánya is megjelent nyomtatásban a tibeti nyelvről és irodalomról. Értékes, nagy figyelemre számot tartó munkát írt a buddhizmusról is.

Akadémiai működésének ideje alatt számos megbízatást is vállalt. 1856-tól kezdődően az Etnográfiai Múzeum igazgatója is volt egészen 1878-ig, az intézménynek az Antropológiai Múzeummal való egyesítéséig, majd az igazgató tisztségből való felmentését kérte. Az Akadémiai Könyvtárban Baer (1792–1876) akadémikus távozását követően könyvtárnok lett 1863-ban. Franz Anton Schiefner az akadémiai teendői mellett 1860–1873 között a görög és a latin nyelv tanára is volt a Katolikus Lelkészakadémián. 1879. november 16-án Szentpéterváron hunyt el.

Tudósi tevékenységét az állam és a különböző tudományos intézetek, valamint társaságok által adományozott kitüntetésekkel ismerték el. Érdemei elismeréseként a Vladimir-rend 3. osztályú, a Szent Anna-rend 1. osztályú és a szász Albrecht-rend 1. osztályú rendjelét is megkapta. Több irodalmi társaság is tagjává választotta. Az Észt Irodalmi Társaság 1848-ban Revalban, a Finn Irodalmi Társaság 1850-ben Helsingforsban, majd 1850-ben a Németországi Keleti Társaság is tagjává választotta. Érdemes megemlíteni, hogy 1851-ben Rigában a Balti Tartományok Történelmi és Régészeti Társaság, 1859-ben Párizsban a Keleti és az Amerikai Etnográfiai Társaság, 1860-ban az Orosz Archeológiai Társaság, 1864-ben Nervában az Régészeti Társaság, 1869-ben Moszkvában az Archeológiai Társaság, 1875-ben Párizsban a Filológiai Társaság és 1878-ban Hágában a Filológiai, Geográfiai és Etnográfiai Intézet is tagjává fogadta. Számos külföldi tudományos akadémia elismerését is megkapta. Ezek a következőek: az Észt Tudóstársaság 1854-ben Dorpatban, a Finnországi Tudóstársaság 1856-ban Helsingforsban, a Porosz Tudományos Akadémia 1858-ban Berlinben, az Osztrák Tudományos Akadémia 1871-ben Bécsben, a Magyar Tudományos Akadémia 1873-ban Budapesten emelte tagjai közé.

A Magyar Tudományos Akadémia azért is választotta meg 1873-ban külső (tiszteleti) tagjává, mert vitathatatlan nemzetközi tekintélye mellett a magyar ügyek iránt mindig élénk érdeklődést tanúsított. Schiefner felesége fiatal korában több évet töltött Magyarországon és a Bártfay László (1797–1858) házában csoportosuló irodalmi körrel – melynek látogatói többek között Vörösmarty, Toldy, Kossuth, Szemere voltak – is kapcsolatba került. Ezen túl Schiefner kutatásaikban segítette és gyakran baráti fogadtatásban részesítette a Szentpéterváron és a Moszkvában tartózkodó magyar tudósokat, köztük Bálint Gábort, Géresi Kálmánt, Hunfalvy Pált és Budenz Józsefet is. Érdekelte a magyar mitológia és mondavilág, magyarul is megtanult, s 1872 nyarán Budapestre is ellátogatott.

Franz Anton Schiefnernek az egyik jelentős tanulmánya a „Buddha-vallás irodalma” című műve volt, ez által került kapcsolatba a szanszkrit, a tibeti és a mongol nyelvvel. Nyelvészeti kutatásai a finn nyelvre is kiterjedtek. Érdeklődését felkeltette a finn népeposz mitikus tartalma, ezért a Kalevalát németre is lefordította, ami 1852-ben jelent meg. Schiefner érdeme, hogy munkájának köszönhetően 1867-ig az ő fordításának köszönhetően ismerhette meg a finnül nem tudó európai tudósvilág a Kalevalát. Munkásságának köszönhetően a finn és a vele rokon népekre és nyelvekre is nagyobb figyelmet kezdett fordítani a nemzetközi tudományos közösség.

Schiefner munkássága a magyar nyelvtudomány fejlődésének is nagy szolgálatot tett, mivel 1853-ban közzétette Matthias Alexander Castrén Nordische Reisen und Forschungen című művét, amely az altáji nyelvek első tudományos igényű ismertetését adta. Ennek a munkának köszönhetően nyerhettek betekintést az érdeklődők az osztják, a kojbal és karagasz, a burjat, a tanguz és valamennyi szamojéd nyelvbe. A Castrén hagyaték közzétételével Schiefner az altáji nyelvcsalád alapos ismerőjévé is vált, főként az e nyelvcsaládhoz tartozók néphagyományait kutatta. Figyelme a kaukázusi nyelvekre (thuš, avar, udi, csecsen) is kiterjedt, e tárgykörben a mások által írt, de az általa átdolgozott tanulmányok mellett saját műveket is megjelentetett.

Franz Anton Schiefner jogi tanulmányai befejezését követő 37 esztendőt átfogó tudósi pályafutása sokoldalú tudományos eredményekkel szolgált. Több szaktudomány, így elsősorban a keleti népek vallás- és műveltségtörténete, a nyelvtudományok, köztük első helyen az altáji összehasonlító nyelvészet köszönhet sokat fáradhatatlan tudósi tevékenységének.