Matlekovits Sándor a Magyar Tudományos Akadémia 1891. február 22-i teljes ülésén felolvasott beszédében a következőket mondta Apáthy Istvánról: „Az Akadémiában egy férfiúról emlékezem meg, kinek tevékenysége mint íróé és mint jogászé egyaránt jelentékeny nyomokat hagyott maga után; kinek nevével törvényhozásunk egyik nevezetes ága elválaszthatlanúl kapcsolatban áll; kinek, fáradhatlan buzgalmánál, határt nem ismerő szorgalmánál és kitartásánál fogva, Magyarország hiteltörvényeinek létrehozatalában nagy érdemei vannak; ki a főváros ügyvédi karának fényes helyzetéből áttérve az egyetem tanári székébe, ott is kiváló egyéniségével kartársainak ép úgy, mint hallgatóinak rokonszenvét megnyerte és tudomány-egyetemünk díszei közé tartozott; ki irodalmi működése által a közfigyelmet magára vonván a törvényhozó testület kebelébe választatott s ott is csakhamar az elsők sorában működött; és ki bármely pályán álljon is, tollával és irodalmi tevékenységével mindenkor az Akadémia díszére szolgált.” Matletkovits gondolatai kiválóan összefoglalták Apáthy István sokszínűségét és szerteágazó munkásságát.

Apáthy István édesapja gazdatiszti szolgálatot teljesített az akkori szabadelvű ellenzék szónoka, Bezerédj István országgyűlési képviselő mellett, aki egyben Apáthy István keresztapja is lett. Az elemi iskolákat, valamint a gimnázium I. osztályát otthon a szülői háznál, további gimnáziumi tanulmányait Nagykanizsán végezte el a piaristáknál kiváló eredménnyel. A gimnázium elvégzése után, részben saját, részben szülői tanácsra a tanári pályára készült, ezért a piarista rendbe lépett; a kétévi noviciátust Kecskeméten végezte, egészen az 1848-as szabadságharc kitöréséig, amikor otthagyta a rendet. Életét azonban ezt követően is jelentős mértékben meghatározta, s áthatotta a szerzetesi élet iránti elhivatottság, a hazaszeretet, az ország szolgálata, valamint a katolikus hit. Részt vett az 1848–49-es forradalom és szabadságharcban, ahol tüzérfőhadnagyi rangot szerzett, számos csatában (Pákozd, Szolnok, Bicske, Isaszeg, Buda, Komárom) kitüntette magát, végül Görgey Artúr mellett teljesített szolgálatot. A világosi fegyverletételt követően bujdosásra kényszerült.

A szabadságharcot követően nem tért vissza a piarista rendbe, hanem világi pályára lépett. Jogi tanulmányait Pesten végezte, Pauler Tivadar kedvenc tanítványaként, aki már ekkor buzdította a tudományos pályára (ez a személyes kapcsolat később is fennmaradt, hiszen az akkor már miniszter Pauler volt Apáthy lányának, Jolánnak az esküvőjén az egyik tanú). Jogi tanulmányait 1855-ben fejezte be, 1857-ben szerzett jogi doktori címet. Ugyanebben az évben házasságot kötött Császár Antóniával, akitől három gyermeke született. Egyik fia fiatalon elhunyt, másik fia, ifj. Apáthy István zoológus, a magyar és a nemzetközi biológiai tudomány kiemelkedő személyisége volt, lánya, Apáthy Jolán pedig tehetséges zenész. Apáthy az egyetem elvégzése után a tudományos pálya helyett, ekkor még anyagi okokból, az ügyvédi pályát választotta; az ügyvédi vizsgát 1859-ben tette le, ügyvédként tíz éven át tevékenykedett.

1869-től a Jogtudományi Közlöny munkatársa volt. A Váltójogtan című műve 1870-ben jelent meg Pesten, mely jogirodalmi munkásságának első jelentős mérföldköve volt. Szabó Marcel: Apáthy István című tanulmányában megfogalmazza: „Vitán felül álló nemzeti elkötelezettsége ellenére nem a régi jogintézmények megőrzésében látta a magyar jogtudomány feladatát. Úgy fogalmazott, hogy „nem avult, vagy hiányossá vált jogi intézményeink féltékeny megőrzése, hanem azok korszerű megreformálása képezi létünk feltételét.” Apáthy István 1876-ban írta meg A kereskedelmi jog, a magyar kereskedelmi törvény alapján című munkáját, amely elnyerte a Magyar Tudományos Akadémia nagydíját. A nemzetközi közjogban is kiemelkedő volt tevékenysége: az 1878-ban megjelent, A Tételes európai nemzetközi jog című tankönyvében elsőként fogalmazta meg magyar nyelven a nemzetközi jog szabályait.

1870-ben a pesti egyetemen a kereskedelmi jog, a váltójog és a tételes nemzetközi jog nyilvános tanárává nevezték ki. Oktatási tevékenysége során mintaképe lett az egyetemi tanároknak, s a diákok körében is nagy népszerűségnek örvendett. Az egyetem tanári kara rektornak is megválasztotta. Egyetemi oktatóként, Hoff György véleménye szerint „a kötelességtudás mintaképe volt”. 1874-ben királyi tanácsos címet kapott. A jog oktatása kiemelten foglalkoztatta, melyről 1889-ben a Budapesti Szemlében tette közzé véleményét és meglátásait. Gondolataiban nagy hangsúlyt kapott a tanszabadság, a diákok érdekei. Apáthy határozottan állt ki a nemzetközi jog oktatása mellett, amellyel az európai szinten is haladó és modern oktatási eszméket tartotta követendőnek. Apáthy megkapta a harmadosztályú vaskorona rendet, továbbá a jogi kar dékáni címét is.

Apáthy István azonban nemcsak tanította, de alkotta is a jogot. 1868–69-ben a Budapesti Ügyvéd Egyletben a magyar váltójog elveinek megfogalmazásában jelentős szerepet vállalt. 1873-ban Pauler Tivadar igazságügy-miniszter megbízására elkészítette a váltótörvény és a csődtörvény tervezetét, melyekből később jogszabály készült. Apáthy István legjelentősebb kodifikációs munkája azonban egyértelműen a kereskedelmi törvény tervezete, amelyért királyi tanácsossá nevezték ki, és a Magyar Tudományos Akadémia tagjává választotta meg. (Apáthy munkájának színvonalát jól mutatja, hogy kereskedelmi társaságokra vonatkozó szabályai egészen 1988-ig hatályban voltak, de az 1875. évi XXXVII. törvény néhány § erejéig a mai napig hatályban van.) Kauser miniszter megbízásából 1882-ben elkészítette az általános magánjogi törvénykönyv kötelmi részét (1882), amely 852 §-ból állt, és alapját képezte a későbbi kodifikációknak. Apáthy István 1878-tól haláláig a letenyei kerület országgyűlési képviselője volt. Országgyűlési képviselőként részt vett számos fontos törvényjavaslat megfogalmazásában, valamint előkészítésében. Országgyűlési képviselői tevékenységének fontos állomása a magyarországi katolikus vallási és tanulmányi alapok védelme. Részt vett számos fontos törvényjavaslat tárgyalásában, s szakszerű és tudományos jellegű beszédeivel mindig kiemelt figyelmet váltott ki.

Apáthy Istvánt életének végéhez közeledő szakaszában szívbetegséggel küzdött, betegségéből azonban távolabbi ismerősei, tisztelői keveset érzékelhettek, hiszen élete végéig termékeny tudományos tevékenységet, publikálást folytatott betegsége ellenére is.

Dr. Bozóky Alajos a Katholikus Szemlében a következő gondolatokkal zárja emlékezését Apáthy Istvánról: „Legyen köztünk áldott emlékezete, mely élni fog, míg csak magyar kultúra és jogtudomány lesz, melynek egyik leglelkesebb, legkötelességtudóbb, legkiválóbb harcosa volt.”