Az 1972-es adatokon tesztelte a Featherman–Johns–Hauser-hipotézist (FJH). Ez a hipotézis egy olyan rendszerelemzés, mely nemzetközileg azt vizsgálja, hogy mennyire kerülnek a gyerekek vagy unokák ugyanolyan társadalmi helyzetbe, mint amilyenben a szülők, illetve nagyszülők voltak. Ez azért újszerű, mert – szemben az egyszerű regressziós elemzésekkel – kontrollál a strukturális változásokra. Ilyen például a generációk között az iskolai végzettség változása. Generációk között például nő az iskolai végzettség, mely úgy tűnhet fel, hogy a fiatalabbak csak azért, mert magasabb az iskolai végzettségük, felfelé mobilak. Az FJH ezt kiszűri. Arról, hogy miként kell vagy lehet értelmezni vita folyik, de egy értelmezés szerint ezzel azt lehet mérni, mennyivel mobilabb egy társadalom egy másiknál, s ennyiben ez rendszer- és nem kormányelemző. Az FJH-kutatások azt mutatták, hogy a regressziós elemzésekkel ellentétben a társadalmak mobilitása általában nem nő. A gyerekek, illetve unokák ugyanolyan társadalmi helyre kerülnek, mint a szülők vagy nagyszülők. Andorka Rudolf volt az első kutató, aki ezt egy szocialista társadalomban felmérte. Ezek az adatok már 1962-ben is rendelkezésére álltak, de Ferge Zsuzsának nem volt az FJH-elemzéshez szükséges matematikai tudása. Andorka Magyarországon is igazolva látta az FJH-t. Ez fantasztikus eredmény volt, mindenki azt gondolta, hogy a szocializmus felszámolta a korábbi felső közép- és uralkodó osztályt. Andorka Rudolf viszont azt találta, hogy azok esetében, akiket nem öltek meg, vagy nem kényszerültek kitelepülésre, mindössze több időre volt szükség, hogy visszakerüljenek a szülőkhöz hasonló helyzetbe. Andorka élete ezt jól illusztrálja. Kitelepítették, hosszú ideig fizikai munkát is kellett végeznie, mégis, élete végére már rendszerelemzés helyett kormányelemzést végzett a szocializmusban, s ezzel volt s van a mai napig nagy hatása. A kormányelemzés azt mutatja, hogy mit kell (kellene) a kormánynak tennie azért, hogy a magyarok élete jobb legyen rendszerváltás nélkül.

Mint már említettem, Andorka Rudolf óvatos volt. Amikor 1971 után a rendszer egyik fő ellenségévé váltam, barátságunk nem szűnt meg, de elhalványult. Kevesebbet találkoztunk, de ez így volt a legtöbb emberrel, valóban veszélyessé vált velem túl jó kapcsolatot tartani. Barátságunk 1988–89-ben újraindult, sokat keresett, és mindenben a tanácsomat kérte. De ez se tartott sokáig. Andorka Rudolf közel állt Antall Józsefhez, gyerekkori barátok voltak, s kölcsönösen tisztelték egymást. Én Antallt nem szerettem, s igencsak kritikus voltam az MDF-fel kapcsolatban is, így a barátságunk megint elcsendesedett.

1990 után pályája felfelé ívelt, 1991–96-ban az Országos Tudományos Kutatási Alap (OTKA) elnöke volt. 1991-ben a Budapesti Közgazdaságtudományi Egyetem rektora lett.

Így Andorka Rudolf volt az elsők között, aki kimutatta, hogy Magyarországon a termékenység az újratermelésnél alacsonyabb, s ebből a termékenységből eredő népességnövekedés alacsonyabb, mint a halálozás és nettó elvándorlás. Hasznos javaslatokat tett, mivel ellensúlyozhatná a kormány a magyar népesség csökkenését.

Nem akart még egyszer börtönbe kerülni. Kerülte a konfliktusokat a rendszerrel, sőt már 1984-ben egyetemi tanár és tanszékvezető lett.

Rendkívüli kormányelemző tevékenysége volt. A magyar népességcsökkenéshez hasonlóan foglalkozott a legkülönbözőbb súlyos problémákkal, az alkoholizmussal, a családdal és minden egyes ügyben józan tanácsokat adott. Ezzel mintegy megalapozta azt, amit ma Magyarországon szociológiának lehet nevezni.

1989-ben Berend T. Iván elhatározza, hogy akadémikussá választ három olyan tudóst, akikből, ha nincs kommunista politika, akadémikus lett volna, ilyen volt Andorka Rudolf, Heller Ágnes és jómagam. Csakhogy se Rudolfnak, sem nekem még akadémiai doktori fokozatunk sem volt. Ezért a mi esetünkben egy sajátos eljárást alkalmaztak. Nem kellett doktori disszertációt írnunk, elég volt egy összefoglaló a munkásságunkról. Ezt meg is írtuk s meg is védtük. Iván még azt is kitalálta, hogy a II. és IX. osztálynak adott külön akadémikusi helyet, így senkivel nem kellett versenyeznünk. Mindhármunkat meg is választották. Andorka Rudolf ekkor mondta: „Tudod, Iván, annak, hogy mi idáig nem voltunk akadémikusok, politikai oka volt. Annak, hogy most akadémikusok lettünk, politikai oka van.” Így volt igaz.

Andorka Rudolf 1997-ben súlyosan megbetegedett, rákbeteg volt, nagy fájdalomban. Ajánlottak neki morfiumot, hogy a fájdalmát csökkentsék, de nem fogadta el, mert dolgozott utolsó, s valószínűleg leghatásosabb könyvén, ami a szociológia-tankönyve volt. Amerikából minden héten felhívtam, hogy beszélgessek vele, s csodáltam munkabírását. Csodáltam, de egyben nem egészen értettem. Amerikában a tankönyveknek szinte semmi értékük nincs. Az ír tankönyvet, akinek nincs elég új elméleti gondolata egy monográfiához. De magyar körülmények között Rudinak igaza volt. Harminc évvel halála után még szinte minden magyar egyetemen kötelező olvasmány. Ez a magyar szociológia.

Andorka Rudolf 1997. június 30-án hunyt el.