A betegségekkel kapcsolatos egyéni tapasztalatokról csupán viszonylag pontatlan és bizonytalan ismeretekkel rendelkezünk ebből a korból. A középkori temetőkből exhumált csontvázak vizsgálata csak azokról a betegségekről nyújt információt, amelyek nyomot hagynak a csontokon és a fogakon: ilyenek például a lepra, az angolkór, a fogszuvasodás. A hatóságok által vezetett részletes halotti anyakönyvek csak a 14. század végétől készültek néhány észak-itáliai városban, de az ezekben foglalt diagnózisok legtöbbjének az értelmezése bizonytalan. Ezen kívül maradtak ránk járványokat és az áldozatokat felsoroló krónikák, valamint a csodás gyógymódok és gyógyulások krónikái, amelyeknél szintén komoly problémát jelent, hogy a középkori esetleírásokat nehéz megfeleltetni a ma használatos betegségkategóriáknak.

„Az Isten Fia üdvösséges megtestesülésének immár ezerháromszáznegyvennyolcadik esztendejét írták, midőn jeles Firenze városában… kiütött a halálos pestis, melyet az égitestek hatalma vagy Istennek bűnös cselekedeteinken érzett igazságos haragja zúdított a halandókra, hogy észre térítsen bennünket; e pestis alig néhány esztendővel annak előtte bukkant fel a keleti országokban, s minekutána ottan rengeteg embert elpusztított, feltarthatatlanul harapózott egy helyről a másra, s nyomorúságunkra a Nyugaton is elterjedt. És ellenében ugyan csütörtököt mondott minden okosság és emberi vigyázatosság, mellyel evégre rendelt városi biztosok a sok szennytől megtisztították a várost, megtiltották, hogy oda bárminémű beteg ember betegye a lábát, s bőven osztogatták a jó tanácsokat az egészség megóvására; nem volt foganatja a jámbor könyörgéseknek sem, melyeket újra meg újra, az elrendelt körmeneteken is, más módokon is intéztek Istenhez ájtatos emberek. Körülbelül a mondott esztendő tavaszának elején kezdettek mutatkozni a pestis fájdalmas pusztításai. Férfiak és nők sokan elhagyták városukat, házukat, hivatalukat, rokonságukat, vagyonukat, és ha nem idegenbe, akkor a maguk falusi birtokára költöztek, mintha bizony Istennek haragja, mely e pestissel büntette az emberek gonoszságát, nem érte volna utol őket akárhol, hanem csupán azoknak elpusztítására szorítkozott volna, akik megmaradtak városuk falain belül…” (Boccaccio, 1992)

A középkorban az asztrológia az egyetemi oktatás része volt, mivel a korabeli orvostudomány szerint a bolygók állása befolyásolta az emberek egészségét és életét. Az 1348-as nagy pestisjárvány például az orvosi vélemény szerint a Szaturnusz, a Jupiter és a Mars különleges együttállásának következménye volt. Középkori asztrológiai táblázatok egyértelműen mutatják, hogy milyen egészséget befolyásoló hatást tulajdonítottak az égitesteknek. Korabeli orvosi könyvek gyakori ábrázolása volt az úgynevezett „zodiákus ember”, amely megmutatta, hogy az egyes testrészeket mely asztrológiai jegyek, bolygók befolyásolják. Az orvoslás tudományossá válásával az asztrológia elvesztette korábbi jelentőségét a gyógyításban, noha a mindennapi élet eseményeinek előrejelzésében és értelmezésében ma reneszánszát éli.