Az idegtudományi adatok összességében alátámasztják azt a nézetet, hogy az agy számos funkcionálisan specializált képesség gyűjteménye. A funkcionális elkülönülés az agyi szerveződés egyik legfontosabb alapelve, még akkor is, ha nem mindig világos, hogy pontosan mi is egy-egy terület sajátos feladata. Sokkal kevesebb a bizonyíték egy központi processzor vagy szabályozó mellett, ahova a különböző modulok az integráció érdekében kimeneteiket közvetítenék. Ha létezik is egy központi idegi processzor, mely összehangolja a különböző modulokat, agyi helye a mai napig ismeretlen. Funkcionális szinten nincs perdöntő bizonyíték az amodális tudás egyetlen rejteke mellett. A funkcionális integráció, az agyi szerveződés másik nagy elve, inkább úgy tűnik, a sok érzékeny modul működésének időbeli összhangjából emelkedik ki. Noha a különböző modulok jellemzően speciális bemeneteket kapnak a szenzoros perifériáról, ezeknek a pályáknak az iránya a tapasztalat révén átalakítható. A vizuális kéreg például fel tud dolgozni szomatoszenzoros bemeneteket veleszületetten vak egyéneknél, de még akár látó egyéneknél is, rövid vizuális deprivációt követően (ismerteti Sathian 2005; vö. Sereno 2005). Sem a modulok önállósága, sem zártságuk nem kapott sok kísérleti megerősítést. Az agy almoduljai között számottevő eleve beépített keresztkommunikáció van, mind az oldalirányú, mind a top-down kapcsolatok révén; ez éppúgy igaz a sokféle nem nyelvi modul között, a nem nyelvi és a nyelvi modulok között, és a nyelvi képességen belüli almodulokon belül is. Az ingerfeldolgozási folyamatok értelemszerűen nem okoznak üvegnyakhatást (útszűkületet) a motoros rendszerben, mert a két rendszerben párhuzamosan futhatnak a számítások, és mert a motoros rendszernek hozzáférése van az ingerfeldolgozó rendszerből származó, részben már megemésztett információhoz (még akkor is, ha ez az információfolyam nem mindig folytonos).