A kilencvenes évek kezdetéig számos diszciplína tekinti magáénak a diszlexia kérdését; a kutatások területén a pszicholingvisztika és a neuropszichológia, míg a gyakorlatban, országonként eltérő arányban, a pszichiátria, a neurológia és a gyógypedagógia. Az ezredfordulón jelenik meg a kognitív pszichofiziológia és idegtudomány erős érdeklődése a téma iránt, s az agyi aktivitás mérésével e tudományterületek az újra felfedezett témák frissességével fordulnak az olvasás és olvasástanulás fejlődési zavarai felé. Már az első elektrofiziológiai és modern képalkotó eljárásokkal mért mutatókból nyilvánvaló, hogy az olvasást működtető igen komplex agyi hálózat eltérése állhat a fejlődési diszlexia hátterében (összefoglalóként l. Csépe 2006). A lassan, pontatlanul olvasó, még felnőtt korban is gyakran súlyos helyesírási hibákat ejtő diszlexiásokról számos szakcikk jelenik meg, visszaszorul az ellátás kényszerében élő gyakorlat túl könnyed elméletalkotó, s egyszerű okokat kereső aktivitása. Alapjaiban inog meg már a hetvenes évek végén az a nézet, hogy a fejlődési diszlexia kizárólag vizuális percepciós deficit eredménye lehet („veleszületett szóvakság”). Frank Vellutino (1979) úttörő munkájából egyértelműen kitűnik, hogy a zavarok jelentős részének eredete a nyelvi rendszerben keresendő. Ez a szemléletváltás azért is tűnt megalapozottnak, mivel az addig megjelent publikációk többsége a vizuális percepciós deficit bizonyítására nyelvi ingereket használt, a nem nyelvi ingerek esetében pedig a diszlexiások és jól olvasók között eltérést alig talált. Ennek szakmai hatásával párhuzamosan jelentek meg a Haskins Laboratórium publikációi, amelyek kimutatták, hogy az olvasástanulásban a nyelvi rendszer fejlettsége, s ezen belül a fonológiai tudatosság a meghatározó (Liberman 1973; Liberman et al. 1974). Mára már számos bizonyíték támasztja alá a fonológiai deficit hipotézisét; a diszlexiások gyenge teljesítményt nyújtanak a különböző fonológiai feladatokban (Ramus et al. 2003), a fonológiai tudatosságot fejlesztő programok pedig az olvasási és helyesírási készséget pozitívan befolyásolják (l. később).