Egy másik kutatási irány, amelyen Milgrom elsősorban Bengt Holmströmmel dolgozott együtt hosszabb ideig, az olyan, intézményeken belül működő ösztönzőrendszerek működési elveinek feltárása volt, ahol az árak egyáltalán nem, vagy csak részben játszanak szerepet. Később ez a terület is az információ közgazdaságtana, a szerződéselmélet, majd az új intézményi közgazdaságtan fontos területévé vált. 1987-ben megjelent tanulmányuk (Milgrom–Holmström 1987a) közölte az első folytonos idejű megbízó–ügynök modellt. Megmutatták, hogy egy ilyen dinamikus modellben a lineáris ösztönzési séma lehet optimális, ha a megbízó, ahogy telik az idő, meg tudja figyelni annak a tényezőnek a változását, amelynek alakulásától függően az ügynököt jutalmazzák. Ezt a modellt használták fel később arra, hogy azokban a helyzetekben is megvizsgálják az optimális ösztönzési sémákat, ahol az ügynöknek többféle összefüggő feladatot kell ellátnia, akár olyanokat is, amelyek egymásnak ellentmondó célok alá vannak rendelve (Holmström–Milgrom 1991). Rámutattak, hogy ebben a helyzetben, ha azt keressük, hogyan optimális megosztania az erőforrásait az ügynöknek a különböző feladatok között, akkor kifejezetten kontraproduktív lehet olyan direkt ösztönzőket alkalmazni, amelyek csak a könnyen mérhető kimeneteken alapulnak, mert ekkor az ügynök minden erőforrását ezekre a feladatokra fogja összpontosítani, ez pedig kárára válhat a nehezen mérhető kimenettel rendelkező feladatokhoz kötődő célok elérésének. Ezzel arra az oktatás-gazdaságtani problémára is rámutattak, hogy nem helyes a tanárokat például csak a diákok által elért teszteredmények alapján értékelni, mert így arra lesznek ösztönözve, hogy csak a tesztre készítsék fel a diákokat, és az egyéb oktatási célokat elhanyagolják.