Williamson második legtöbbet idézett cikke Comparative Economic Organization: The Analysis of Discrete Structural Alternatives (Komparatív gazdasági szervezet: a diszkrét strukturális alternatívák elemzése) címmel jelent meg 1991-ben. Koncepciója itt kiegészül a harmadik önálló irányítási struktúraként kezelt hibrid móddal, amely a két ellentétes pólus, a piac és a hierarchia között helyezkedik el. A hibrid mód alapvető jellemzői „a félig erős ösztönzők, a közbenső szerződéses biztosítékok és adminisztratív ellenőrzések” (Sent–Kroese 2022). A három irányítási struktúrában a szerződési jog három eltérő típusát alkalmazzák. A piaci módot a jogszabályokon alapuló szerződéskötés jellemzi, a hibrid mód „a szerződés mint keret” előírására támaszkodik, amelyben a zavarok elhárítására a magánrendezés eszközeit alkalmazzák, a vállalatokon belüli tranzakciók pedig a „türelmi jog” (forbearance law) alapján szerveződnek (Williamson 2013: xii–xiii). Az 1991-es cikk általános megállapítása szerint „a gazdasági szervezet három általános formája” közötti lényegi különbségek az ösztönzők alkalmazása, a koordinációs és kontrollmechanizmusok és különösképpen a zavarokhoz való alkalmazkodási képességek terén mutatkoznak meg. Az utóbbi döntő jelentősége nemcsak a Hayek által 1945-ben elemzett piaci spontán alkalmazkodásból fakad, hanem a belső szervezeten belüli, tudatosan koordinált alkalmazkodás szerepéből is, amelynek szervezetelméleti gyökerei Barnard 1938-as művében találhatók meg. A széles körben ünnepelt „piac csodája” ezáltal összekapcsolódik a korábban inkább megvetett „hierarchia csodájával” (Williamson 2005: 4). A tranzakciók és az irányítási struktúrák döntő jellemzőinek teljes leírásával és ezek költséghatékony összekapcsolásával Williamson fontos lépést tett az irányítás absztrakt elméletének kifejtéséhez (Williamson 1991: 269).