Érheti az a vád az embrionális őssejtkutatást elvetőket, különösen az egyházakat, hogy a Galieli-perhez hasonlóan a tudomány szabadságát kérdőjelezik meg és korlátozzák megengedhetetlen módon. Fontos látnunk egyrészt, hogy a tudomány szabadsága nem korlátlan, nem abszolút. Elég csak az Orvosok Világszövetségének Helsinki Deklarációjára gondolnunk, amelynek korábbi változatai kimondták, hogy a tudományos kutatás során a kutatásban résztvevő személy érdeke mindig előrébb való, mint a kutatás, avagy a társadalom érdeke. S a tudományos kutatás korlátai nem csak az embereken végzett kutatásokra vonatkoznak, hanem az emberi szöveteken, sejteken, a holttestből kivett szöveteken végzettekre is, sőt az állatkísérleteket is korlátozzák állatvédelmi megfontolások miatt. S ezek a szabályok nemcsak formai részleteket, hanem tartalmi elemeket is érinthetnek, hiszen például embereken alapvetően nem végezhető olyan kutatás amelynek kockázata nagyobb várható hasznánál. Eme formai ellenvetés mellett még fontosabb látnunk, hogy a Galilei-per és az embrionális őssejtkutatás megakadályozását célzó törekvések alapvetően különböznek egymástól. Amíg Galilei esetében a katolikus egyház Galilei tudományos állítását kérdőjelezte meg nem a természettudományos paradigmába illeszkedő gondolkodásmóddal, illetve eszközökkel, azaz természettudományos eredményét nem természettudományos módon kívánta megsemmisíteni, addig az embrionális őssejtkutatás ellenzése alapvetően az előbbitől különböző folyamat. Nincs ugyanis tudományos bizonyíték arra vonatkozóan, hogy mikor kezdődik az emberi élet, illetve, hogy mikortól kezdve szükséges az emberi életet hordozó sejteknek/szöveteknek/szerveknek/szervezetnek megadni mindazon jogokat, védelmet, amelyeket megadni kívánunk. Vannak kultúrák, ahol az újszülött meggyilkolása is elfogadott, s van olyan ország, ahol az elektív abortusz nem engedélyezett. Az imént feltett kérdés – vagyis hogy szabad-e, s ha igen milyen feltételek teljesülése esetén az embrionális őssejteken kutatást végezni – tehát filozófiai/vallási/társadalmi/politikaikérdés, amelyre természettudományos módszerrel válaszolni nem tudunk, legfeljebb a kérdés megválaszolásához fel tudjuk használni a természettudomány eredményeit.